6. genscan、Phrap

2019.10.29

运行genscan在OS65

cd  genscan(进入文件）

tar xvf genscanlinux.tar(解压.tar)

./genscan (空运行）看软件路径有没有解压对 能不能运行这个软件

./genscan HumanIso.smat HSU47924.fasta -ps HSU47924.ps >result.txt(结果生成这个文件） 一步输出结果

less result.txt

ps2pdf HSU47924.ps （转化成pdf格式文件）输出文件为HSU47924.pdf ，通过Winscp传输到Windows中。

运行Phrap在Ub17

cd Phrap

tar zxf(xzvf) Phrap64.tar.gz

./Phrap/phrap lesson.seq.screen -minmatch 20 -minscore 40 -view -new_ace

less lesson.seq.screen.contings 看输出结果

contigs:短序列拼接成比较长的序列