MetaCyc
MetaCyc是一个阐明通过实验手段阐释代谢通路的数据库。MetaCyc的数据来源于科学实验文献，含有初生代谢和次生代谢通路，还包括相关的化合物、酶和基因，比如：与大多数的微生物和植物中发生的通路有关的2,844种不同生物；带有14,051种酶反应和52,446个相关文献引用的2,526种代谢通路；MetaCyc收集了所有的由国际生物化学与分子生物学联合会命名委员会（NC-IUBMB）分配EC编号的所有酶催化反应；MetaCyc并不会为特定有机体系简历完成的代谢模型。
和 BioCyc中收录的其他数据库不同，MetaCyc为代谢通路和酶提供了大量的参考信息。比如说MetaCyc可以为预测其他有机体中的代谢通路提供高质量的参考数据。科学家们通常使用MetaCyc来回答生命科学领域的一系列问题，比如“微生物中精氨酸降解的通路是什么”，或者“细菌中已知的辅因子生物合成通路有哪些？”
MetaCyc的目的在于通过存储每个经过实验阐明了路径的具有代表性的样本来登记大量代谢物信息。MetaCyc的应用包括：在线代谢百科全书；预测基因组测序中的代谢通路；通过酶数据库支持代谢工程；代谢数据库辅助代谢组学研究。
MetaCyc数据支持几种不同的浏览和查询方式。对于通路，蛋白质、反应和化合物，MetaCyc网站支持：
o 文本搜索：当你尚未掌握明确的目标名称时可以使用文本方式查询信息；
o 使用本体进行浏览：当你希望从一般范畴到具体实例了解物质信息时可以尝试使用本方法；
o 直接查询：当你知道识别符时可以尝试使用本方法；
除此之外，将MetaCyc与BioCyc数据库系统中的数据子集库的功能进行比较的话，还可以提供一些额外的数据浏览方式，比如对于跨物种比较而言，包括：
o 比较两种或两种以上生物的特定通路；
o 比较两种或两种以上生物的基因组图谱。
另外，软件的电脑版还提供了相当多的其他功能。当本地安装了多个生物特定数据库时，可以比较比较不同生物的整体代谢网络。
斯坦福国际研究所（SRI International）是该数据库的筹建与维护运营机构。斯坦福国际研究所是一家由美国斯坦福大学成立的非营利性国际研究机构，位于加州梅洛科技园区内。该中心的使命是希望创造可以改变世界的科技解决方案让人类生活更加安全、健康并带来生产力的提高。
目前研究所承担的生命科学研究项目包括从藻类生物中提取原油（Biocrude Oil from Algal Biomass）、靶向药物输送（Cell-Targeted Drug Delivery）、抗肿瘤先导化合物的剪接体调制器（SpliceosomeModulators as Antitumor Lead Compounds）、流感病毒RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）抑制剂（InfluenzaRNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Inhibitors）等。
The MetaCyc Database of metabolic pathways andenzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases
Caspi R., Billington R., Ferrer L., FulcherC.A., Keseler I.M., Kothari A., Krummenacker M., Latendresse M., Mueller L.A.,Ong Q., Paley S., Subhraveti P., Weaver D.S., and Karp P.D.
Nucleic Acids Research 44(D1):D471-80.(2016)
DOI: 10.1093/nar/gkv1164
累积引用频次：603
The challenge of constructing, classifying,and representing metabolic pathways
Caspi R., Dreher K., and Karp P.D.
FEMS Microbiol Lett. doi:10.1111/1574-6968.12194. (2013)
DOI: 10.1111/1574-6968.12194
累积引用频次：15
A survey of metabolic databases emphasizingthe MetaCyc family
Karp P.D., and Caspi R.
Archives of Toxicology 85:1015-33 (2011)
DOI: 10.1007/s00204-011-0705-2
累积引用频次：52
网友评论