使用ComplexHeatmap绘制热图

初学R，慢慢摸索。
安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ComplexHeatmap")

参考这篇文章，介绍的功能非常多，我只用了其中一小部分。
https://blog.csdn.net/kMD8d5R/article/details/81008892
1.加载包

library(ComplexHeatmap)
library(circlize) #设置颜色？

2.导入数据并绘图
链接里面用的是R的测试数据，我要用自己的数据画图，首先导入：

setwd('/Users/arabidopsis/Downloads/8-RNA-seq/')
heat <- read.table(file = '2-heat_map.txt', header = T)
heat_matrix <- as.matrix(heat) #ComplexHeatmap要用matrix格式的数据画图，所以转换了一下。
pdf('2_heat_map-2.pdf') #保存为pdf文件
Heatmap(heat_matrix, name = "FPKM", col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red")), show_row_names = FALSE) #绘图
dev.off()

3.绘图参数

col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red"))  #设置绘图的颜色，可以根据数据实际情况调整
show_row_names = FALSE  #是否显示每行名称，默认是TRUE。如果数据很多，行名称会堆叠显示，而且字非常小，感觉没必要
column_title = "Column title" #  显示列标题
column_title_side = "top"  #设置列标题的位置，可选"top"或"bottom"
column_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold")  #更改列文本的字体
row_title = "Row title", row_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold")) #设置行标题和字体格式
row_title_side ="right"  #设置行标题的位置，可选"left"或者"right"
row_title_gp        #更改行文本的字体
show_column_names：是否显示列名称。默认值为TRUE
width = unit(4, "cm")  #设置图像宽度，是对cell宽度进行调整的一种简单方法。好像不能通过height调整宽度
#### 或者通过调整保存PDF的大小，调整修改图像的长宽比 ####
pdf('test.pdf',width=4, height=10)
......
dev.off()

除了这些常用的参数以外，还可以自定义树外观，修改聚类距离计算方式，热图拆分等等方法，具体可以参考上面的链接