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使用ComplexHeatmap绘制热图

使用ComplexHeatmap绘制热图

作者: 野生拟南芥 | 来源:发表于2019-05-19 12:00 被阅读0次

    初学R,慢慢摸索。
    安装:

    if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
        install.packages("BiocManager")
    
    BiocManager::install("ComplexHeatmap")
    

    参考这篇文章,介绍的功能非常多,我只用了其中一小部分。
    https://blog.csdn.net/kMD8d5R/article/details/81008892
    1.加载包

    library(ComplexHeatmap)
    library(circlize) #设置颜色?
    

    2.导入数据并绘图
    链接里面用的是R的测试数据,我要用自己的数据画图,首先导入:

    setwd('/Users/arabidopsis/Downloads/8-RNA-seq/')
    heat <- read.table(file = '2-heat_map.txt', header = T)
    heat_matrix <- as.matrix(heat) #ComplexHeatmap要用matrix格式的数据画图,所以转换了一下。
    pdf('2_heat_map-2.pdf') #保存为pdf文件
    Heatmap(heat_matrix, name = "FPKM", col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red")), show_row_names = FALSE) #绘图
    dev.off()
    

    3.绘图参数

    col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red"))  #设置绘图的颜色,可以根据数据实际情况调整
    show_row_names = FALSE  #是否显示每行名称,默认是TRUE。如果数据很多,行名称会堆叠显示,而且字非常小,感觉没必要
    column_title = "Column title" #  显示列标题
    column_title_side = "top"  #设置列标题的位置,可选"top"或"bottom"
    column_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold")  #更改列文本的字体
    row_title = "Row title", row_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold")) #设置行标题和字体格式
    row_title_side ="right"  #设置行标题的位置,可选"left"或者"right"
    row_title_gp        #更改行文本的字体
    show_column_names:是否显示列名称。默认值为TRUE
    width = unit(4, "cm")  #设置图像宽度,是对cell宽度进行调整的一种简单方法。好像不能通过height调整宽度
    #### 或者通过调整保存PDF的大小,调整修改图像的长宽比 ####
    pdf('test.pdf',width=4, height=10)
    ......
    dev.off()
    

    除了这些常用的参数以外,还可以自定义树外观修改聚类距离计算方式热图拆分等等方法,具体可以参考上面的链接

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