生物信息分析软件很多是Java写的。软件在运行的时候就需要跨越不同底层操作系统（Windows/Mac OS/Linux）调用硬件，Java虚拟机（JVM）就是这样一个可以实现跨平台的接口。JVM是通过JDK软件虚拟的，JDK的安装包可以通过Oracle官网直接下载。
就Windows而言，软件的视窗操作背后是给操作系统的指令，当运行的时候，需要用到什么文件就会在当前目录中找，如果找不到就会去环境变量中找，再找不到的话就会提示没有这个指令。所以配置好环境变量，在安装不同软件时绝对是一劳永逸的。
Java环境变量的配置原理：
·Java程序会使用到的命令或工具（javac.exe、java.exe、javaw.exe等）配置到Path；
·Java程序开发用到的类或者Jar包配置到CLASSPATH；
命令或工具、类或者Jar包都在JDK的安装后的目录中，可以定义一个变量JAVA_HOME，代替一部分路径。缩写的同时，若修改版本就只需要修改这一个变量。
Java环境变量的配置步骤：
2、系统变量中新建变量JAVA_HOME，变量值设置为安装的JDK的路径。
3、设置CLASSPATH。
4、设置Path。
5、重启，Ctrl+R调用cmd命令窗口，输入java -version，出现对应版本与安装的JDK版本相同即为成功。
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