本来想直接在官网安装,结果一堆github的包根本下不下来,手动一个个下又没有那个耐心。后来在网上搜索发现可以用conda安装。步骤如下:
首先官网下载安装最新的Anaconda,根据提示安装即可。
之后设置安装bioconda:
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict (or flexible)
(以上参数仅第一次使用时设置即可)
之后安装:(其实最好提前设置一下环境,但是我懒得搞了,直接安装吧)
(附设置/启动/退出环境的方法:
conda create -n vep
conda activate vep
conda deactivate
另:启动base环境的方法:conda activate base)
conda install ensembl-vep
安装成功!
后续需要继续下载一些相关数据库。
1. cache数据库:
nohup curl -O https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_vep_109_GRCh38.tar.gz &
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