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cenos服务器安装vep

cenos服务器安装vep

作者: 马疾香幽_0702 | 来源:发表于2023-03-16 09:56 被阅读0次

    本来想直接在官网安装,结果一堆github的包根本下不下来,手动一个个下又没有那个耐心。后来在网上搜索发现可以用conda安装。步骤如下:

    首先官网下载安装最新的Anaconda,根据提示安装即可。

    之后设置安装bioconda:

    conda config --add channels defaults

    conda config --add channels bioconda

    conda config --add channels conda-forge

    conda config --set channel_priority strict (or flexible)

    (以上参数仅第一次使用时设置即可)

    之后安装:(其实最好提前设置一下环境,但是我懒得搞了,直接安装吧)

    (附设置/启动/退出环境的方法:

    conda create -n vep

    conda activate vep

    conda deactivate

    另:启动base环境的方法:conda activate base)

    conda install ensembl-vep

    安装成功!

    后续需要继续下载一些相关数据库。

    1. cache数据库:

    nohup curl -O https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_vep_109_GRCh38.tar.gz &

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