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R脚本-利用R绘制MaxEnt模型的ROC曲线

R脚本-利用R绘制MaxEnt模型的ROC曲线

作者: 生信小窝 | 来源:发表于2023-06-12 20:24 被阅读0次

    R脚本-利用R绘制MaxEnt模型的ROC曲线

    结果展示:

    首先需要安装dismo和ROCR两个R包,可以使用以下代码进行安装:

    install.packages("dismo")

    install.packages("ROCR")

    接下来,我们需要读取maxent模型的结果文件,假设文件名为maxent_results.csv,其中包含了两列数据:第一列为真实值(0或1),第二列为模型预测的概率值(0到1之间),可以使用以下代码进行读取:

    复制代码

    library(dismo)

    maxent_results <- read.csv("maxent_results.csv", header= TRUE)

    接下来,我们可以使用ROCR包中的prediction()函数将真实值和预测值转化为prediction对象,代码如下:

    复制代码

    library(ROCR)

    predictions <- prediction(maxent_results[,2], maxent_results[,1])

    接下来,我们可以使用performance()函数来计算ROC曲线以及AUC值,代码如下:

    复制代码

    roc.perf <- performance(predictions, measure = "tpr",x.measure = "fpr")

    auc.perf <- performance(predictions, measure = "auc")

    最后,我们可以使用plot()函数将ROC曲线绘制出来,并使用write.csv()函数将AUC值保存到文件中,代码如下:

    复制代码

    pdf("maxent_roc_curve.pdf")

    plot(roc.perf, main = "ROC Curve", col = "blue",lwd = 2,

    xlab = "FalsePositive Rate", ylab = "True Positive Rate")

    dev.off()

    write.csv(auc.perf@y.values, "maxent_auc.csv", row.names =FALSE)

    以上代码将绘制出ROC曲线并保存到maxent_roc_curve.pdf文件中,同时将AUC值保存到maxent_auc.csv文件中。

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