【linux 常用】

这里是佳奥！这一部分是Linux常用的命令。

1、释放WSL2子系统空间

Windows PowerShell

wsl -l -v
wsl --shutdown
diskpart

进入新窗口
select vdisk file="C:\Users\22789\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu22.04LTS_79rhkp1fndgsc\LocalState\ext4.vhdx"

DiskPart 已成功选择虚拟磁盘文件。

compact vdisk

DiskPart 已成功压缩虚拟磁盘文件。

detach vdisk

2、删除进程

ps -ef | grep fastq | grep -v grep | cut -c 9-15 | xargs kill -s 9

3、改命令行配色

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc

source  ~/.bashrc

4、启动ssh服务

sudo service ssh start

解决报错：sshd: no hostkeys available -- exiting.
 ssh-keygen -A
 /etc/init.d/ssh start

5、conda镜像：

$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

6、启动conda进程

$ source ~/.bashrc

7、conda创建小环境报错，排除网络问题和频道问题后，运行：

conda clean --packages && conda clean --all && conda update --all

8、赋予文件全部权限，xxx文件名

sudo chmod -R 777 xxx/

9、赋予脚本运行权限，xxx脚本名

chmod u+x xxx

10、conda/memba安装软件

mamba install fastqc

11、conda全局更新

conda update --all

12、conda报错solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

再新创建小环境即可

13、添加sratoolkit到环境

$ export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin"

echo 'export PATH=$PATH:/opt/sratoolkit/bin' >> ~/.bashrc
source ./bashrc
vdb-config -i #进入配置文件后按c,在location of user-repository设置下载好的文件的位置,设置完成后按s保存x退出界面

14、添加TrimGalore到环境

export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/trimgalory/TrimGalore-0.6.7"

15、Linux全局更新

sudo apt-get update
 
sudo apt-get upgrade
 
sudo apt-get dist-upgrade

16、循环比对bwa(wes分析)

ls *_1.fastq>1
ls *_2.fastq>2
paste 1 2 > config
然后进vim添加一列sample名，用tab键分隔

##已有config文件
##7E5241 7E5241.L1_1.fastq 7E5241.L1_2.fastq
INDEX=/home/.../hg38
cat config | while read id
do
arr=($id)
fq1=${arr[1]}
fq2=${arr[2]}
sample=${arr[0]}
bwa mem -t 5 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumia" $INDEX $fq1 $fq2 | samtools sort -@ 5 -o $sample.bam -
done

17、解压tar.gz

tar -zxvf file

18、解压.gz（删除压缩文件）

gzip -d file

批量压缩（删除原文件）
gzip *

19、conda第一次建立环境后激活

conda create -n rnaseq
source activate rnaseq
conda activate rnaseq

20、去除文件的全部双引号、单引号

##双引号
sed -i 's/"//g' tmp.bed
##单引号
sed -i $'s/\'//g' tmp.bed

##；
sed -i 's/;//g' tmp.bed

s表示替换，\%就表示百分号，s/\%//将％替换为空，最后的g标志表示全部替换

21、批量.sra转.fq.gz

for id in *sra
do
echo $id
fastq-dump --gzip --split-3 $id
done