shell记录

1.文件内容提取

1. 去掉表头，取第一列，存入新文件
   tail -n +2 sig-genes-deseq2.txt | awk '{print $1}' > sig-genes-list.txt
2. 取第一行，将制表符换成换行符
   head -n1 111.txt | tr '\t' '\n\'
3. echo "aaa" | xargs -I {} echo {}
   -I参数指定替换字符窜 大括号
4. 删除前三行 sed -i.bak '1,3d’ sed.ttt

2.批量操作

for fn in data/DRR0161{25..40};
dosamp=`basename ${fn}`
echo "Processing sample ${samp}"
salmon quant -i athal_index -l A \
       -1 ${fn}/${samp}_1.fastq.gz \
       -2 ${fn}/${samp}_2.fastq.gz \
       -p 8 -o quants/${samp}_quant
done 

for ((i=1;i<=19;i++)) 
for i in `seq 25 40`
for name in *.fastq; do echo $name; done
for id in {14..19}

do 
  mkdir DRR0161${i}; 
  cd DRR0161${i}; 
  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_1.fastq.gz; 
  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_2.fastq.gz; 
  cd ..; 
done

3.文件操作

1. 搜索文件 find / -name httpd.conf
2. 查看 ls -alth
3. 查看目录大小 du -sh
4. 程序运行

echo 'java -jar ~/src/Trimmomatic-0.32/trimmomatic-0.32.jar $@' >> ~/bin/trimmomatic
chmod +x ~/bin/trimmomatic

5. 除去不匹配的文件ls | grep -v gz
6. 显示目前后台tophat进程，并kill

ps aux | grep tophat | awk ‘{print $2}’ | xargs kill -9
screen -r tmp_tophat_x_ten

try

1. 删除文件第一行：
   sed -i '1d' filename
2. 删除文件最后一列：
   awk '{print $NF}' filename
3. 比较文件的方法：
   1）comm -3 --nocheck-order file1 file2

2. grep -v -f file1 file2: 输出file2中有file1中没有的行
   diff file1 file2