单个肿瘤细胞如何Call Somatic突变？ --LoFreq

一、软件简介

• LoFreq* (i.e. LoFreq version 2) is a fast and ++sensitive++ variant-caller for inferring SNVs and indels from next-generation sequencing data
• 软件对于低频突变非常敏感，有人用此软件进行单肿瘤样品体细胞突变的检测，后续需要结合数据库信息，过滤其中的生殖细胞突变。

二、软件用法

[yaomingyue@bogon Lofref]$ /data/Software/lofreq_star-2.1.3.1/bin/lofreq

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Fast and sensitive inference of SNVs and indels

Usage: lofreq <command> [options]

  Main Commands:
    call          : Call variants        单样品
    call-parallel : Call variants in parallel 单样品多线程
    somatic       : Call somatic variants 配对样品

2.1 call：

lofreq call -f ref.fa -o vars.vcf aln.bam

• 如果需要indel的结果，还需要增加--call-indels参数

注意：

• 1. 此时的bam文件应该经历过BQSR，获得INDEL的质量值，GATK4中此步取消了INDEL的质量值，这步建议用GATK3来完成。
• 2. Lofreq indelqual也可以生成INDEL的质量值。

• 如果需要使用多线程则需要使用 lofreq call-parallel参数

lofreq call-parallel --pp-threads 8 -f ref.fa -o vars.vcf aln.bam

2.2 somatic

lofreq somatic -n normal.bam -t tumor.bam -f hg19.fa --threads 8 -o out_ [-d dbsnp.vcf.gz]