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GEO芯片数据差异表达分析

GEO芯片数据差异表达分析

作者: 生信交流平台 | 来源:发表于2021-07-14 12:45 被阅读0次

    前面简单给大家介绍过

    GEO数据库数据检索方法(一)

    GEO数据库数据检索方法(二)

    GEO数据库数据页面介绍(三)

    零代码差异表达分析工具:GEO2R

    零代码差异表达分析——手把手带你GEO实战

    有些小伙伴反映,仅仅看文字版本还是不知道怎么实际动手操作。为了让大家理论结合实际,能真正动手分析自己的数据,小编特地录制了一门视频课程

    基于GEO公共数据库的数据挖掘

    本系列课程一共包含三门课程,一共24期视频。
    第一部分:GEO数据库介绍,数据检索,差异表达分析,boxplot绘制,主成分分析(PCA),火山图绘制
    第一期:GEO数据库介绍,如何检索自己感兴趣的数据
    第二期:GEO2R工具和使用方法介绍
    第三期:GEO2R结果图和表解读
    第四期:mRNA芯片表达谱数据及探针注释文件下载
    第五期:读入mRNA芯片表达谱数据及探针注释文件到R中
    第六期:mRNA差异表达分析
    第七期:绘制mRNA芯片表达谱的boxplot(箱型图)
    第八期:mRNA芯片表达谱主成分分析(PCA),火山图绘制
    第九期:miRNA芯片表达谱数据下载及差异表达分析
    第十期:绘制miRNA芯片表达谱的boxplot,主成分分析和火山图绘制
    第十一期:windows下如何安装R和Rstudio软件
    第十二期:mac下如何安装R和Rstudio软件

    第二部分:GO和KEGG富集分析
    第一期:GO介绍,GO富集分析结果解读,4种风格GO富集分析图如何看
    第二期:R做GO富集分析
    第三期:R绘制四种风格的GO富集分析图
    第四期:KEGG介绍,R做KEGG富集分析
    第五期:R绘制KEGG富集分析图,通路图(无Fold change)
    第六期:R做KEGG富集分析,绘制KEGG富集分析图,通路图(有Fold change,通过差异表达分析获得。可以参考TCGA数据分析和GEO数据分析课程)
    第七期:windows下如何安装R和Rstudio软件
    第八期:mac下如何安装R和Rstudio软件

    第三部分:理论结合实践,详细讲解经常在科研文章中看到的火山图该如何来理解。利用R的EnhancedVolcano包实际动手绘制火山图,详细讲解EnhancedVolcano常用参数的使用方法,绘制出各种酷炫的火山图。
    第一期:详细讲解火山图该如何理解
    第二期:绘制火山图时如何修改火山图主标题,副标题,脚注
    第三期:绘制火山图时如何修改火山图X轴范围,Fold Change阈值,P值阈值,修改点大小,颜色(自定义颜色)和标签大小,如何隐藏标签
    第四期:绘制火山图时如何修改火山图中点的形状(自定义形状),修改图注内容,风格和位置,用箭头标注点的名字,只标注感兴趣的点,用带方框的标签来标注点的名字

    GEO芯片数据差异表达分析

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