大家好啊,这里是佳奥。
一直想有机会学习一下生信分析,一方面是提升自己的技能面,一方面是现在发文章的必须要求了。(目前做植物生理方面)
所以,综上所述,暑假是一个很好的时间与机会。(由于不能留校让我有了两个半月假期,希望九月份我的材料没事)
这里会记录我从小白到,,,到可以看懂大佬的过程,学习的有关参考书籍感谢@陈有朴,能有幸交流真的很开心,那么我们开始吧。
本系列的全部内容均参考《R语言实战》
1 R与R Studio的安装
R官网:https://cran.r-project.org/
R Studio官网:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
先安装R,再安装R Studio,顺序不要错了。
我第一次安装的时候,R Studio一直弹窗显示无法识别安装了R,经过排查原来是要两个软件安装在同一目录下,就可以了。(实在不行选择第三个选择,直接找到R的安装文件也可以)
那么安装完成后,就可以愉快玩耍了。
等一下,系统用户名最好是不带中文的,或许改工作目录可以解决?我倒是重装系统后改了命名,,,
让我们开始吧。双击打开R Studio。
2 赋值和函数
我想令字符x等于5,就
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/2ffde96fbb7681a5.png)
我想令字符y等于包含1,2,3,4的函数
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/abe4c1fbd3043f2f.png)
以上就是赋值和函数的内容,然后我们就可以看一些自带的图示了。
3 demo演示
输入
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/ca3040a8d7f792cc.png)
再按回车,右侧的plot框就会显示一些demo的图示了。(看着好高级)
4 补充
输入
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/196c7da7cd243d7b.png)
回车会计算出等于2,不错,很好的计算器。
5 散点图的输入和分析
以上就是基础的操作,那么我们就可以开始从散点图入门,学习R的绘图
首先假设我们的研究对象是杉木苗的生长情况,我们调查了不同时期的杉木苗苗高,数据如下
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/02b1bcf45d64205a.png)
使用函数 c( ) 以向量的形式输入天数和苗高数据,然后用其他函数获得苗高的均值和标准差,天数与苗高的相关度,最后用图形展示两个数据的关系。具体代码如下:
输入天数和高度数据:
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/ed167c9df59fb494.png)
计算苗高平均值:
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/3049f8bcba9fca99.png)
得到平均值为18.89cm。
计算苗高标准差:
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/f01e3b4ff0dab8f8.png)
得到苗高标准差为10.39。
接着分析天数与苗高的线性相关性:
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/3c14798de30097b8.png)
相关性为0.94,线性相关性比较强。
最后绘制天数与苗高的散点图:
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/7ed92742e9f7ba01.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i28127312/3c2ff7417b78dca3.png)
大功告成!我完成了使用R语言绘制的第一张图。
那么这就是第一部分的内容,我们下一篇再见!(我整理的真的很慢orz,但是会一直学的!!)
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