这是一部让观众全程目不转睛的合家欢电影。
女主角的朱蒂是一只柔弱的兔子，与父母一起住在乡下。女主角是食草动物，虽然它外表瘦弱，但是它内心坚强，励志要做一名警察。经过自己的不懈努力，她终于当上了警察，实现了自己的梦想。于是，她就进入了人才济济的动物城。
动物城里和乡下不同，汇聚了各种各样的动物。有瘦小的啮齿动物，也有高大的食肉动物，有天上飞的动物，也有地上走的动物。每种动物发挥自己的特点，为这一座城市而努力着。
可是有一天，朱蒂却接到了一个棘手的案件，一只水獭神秘失踪了，而且，动物城里也发生了许多食肉动物伤人以及失踪的事件，一时间人心惶惶。
朱蒂为了这个案子，与自己不喜欢的狐狸尼克合作，让尼克帮助自己找到水獭。
两个人费了千辛万苦，终于找到了水獭，可是，不知怎么了，水獭忽然疯掉了，袭击了朱蒂和尼克。
朱蒂和狐狸觉得这个事情十分蹊跷，于是顺藤摸瓜。两个人在相识的过程中，朱蒂也渐渐明白尼克不务正业的原因。城市里存在着固有的成见，食草动物不喜欢食肉动物。尼克小时候也有梦想，渴望成为一名警察，但是，由于自己是食肉动物，遭到了来自那些食草动物朋友的虐待，于是，他便放弃了当警察的梦想。这里和《哪吒》里面身为魔丸的哪吒一样，人们心中一直有偏见，于是所有人都害怕哪吒，不喜欢哪吒，哪吒便只好通过整天搞恶作剧。
朱蒂和尼克经过调查，发现这些失踪的食肉动物都被关在监狱里，而这一切的幕后黑手居然是身为食肉动物的狮子市长。朱蒂和尼克解救了那些被关押的动物，市长也因此入狱。
朱蒂一时间，成为了动物城的英雄。可是朱蒂却没有感觉快乐，因为这个事情，动物城里食肉动物和食草动物的矛盾更大了。朱蒂心里其实也是对食肉动物有所恐惧的，因为自己小时候被食肉动物欺负过。尼克发现了朱蒂内心的恐慌，感慨自己食肉动物的身份终究不能被接受，于是离开了朱蒂。朱蒂也闷闷不乐，辞去工作，回了老家。
在老家，朱蒂遇到了童年欺负过自己的食肉动物狐狸，不过如今的狐狸它已经改变了，不再是那个凶恶的怀小孩，两个人也成了好朋友。朱蒂某天，也突然得知了村子里一种名为午夜狼嚎的紫色的花，这种花，吃了它，便会发疯，食草动物也会发疯。
朱蒂恍然大悟，赶紧回到了动物城，寻找到了尼克，二人重归于好。他们找到了收购这些花的黄鼠狼，询问到了羊博士的下落。他们来到了实验室，终于得知了真相。原来羊博士用这些花研制出了一种可以让动物发疯的药，给任何动物射上一枪，动物就会疯掉，讽刺的是，羊博士是食草动物，居然干出这样坏的事情。
两个人准备把真相公布于众，可是半路上，却碰到了羊副市长。两个人终于明白了，一切都是羊副市长搞的鬼，它想借此挑起食肉动物与食草动物的矛盾，把食肉动物赶出这个城市。
二人将计就计，羊副市长得意忘形地说出了自己的罪行，朱蒂把声音录下来，结果当然是羊副市长被抓获，动物城恢复了往日的生机。尼克和朱蒂也有情人终成眷属，尼克也当上了警察。
不知道这部电影是否在暗示美国那些白人种族歧视者，不过呢，这部电影对那些歧视黑人的白人有教育意义。不能刻意针对别的种族，更不能刻意制造种族矛盾。
城市好比大海，海纳百川，里面有各种类型的动物，每种动物都发挥自己的特长，为这座城市出力。大杂烩，这就是城市的特点，也是城市能够繁荣的特点。上海城能够成为东方明珠，恰恰因为他能吸引全国各地的人才。我们不应该排挤别的团体，只有大家求同存异，才能共同发展，生活在共同的城市。
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