R 更换Package安装源

有时候利用R安装R包，出现错误：

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Warning in install.packages :

  unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib:

  cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'

Warning in install.packages :

  package ‘readxl’ is not available (for R version 3.4.1)

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可能是因为国外的rstudio或者其他源链接不上，此时换成国内源即可解决问题，更换方法如下：

##1. 使用Rstudio

打开

tool -> Global options -> packages

##2. 使用终端

在使用终端命令行安装包的时候，可以直接指定源，命令如下：

install.packages(‘gdata’, repos = ‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN’)

##3. 更改配置文件

linux或mac系统下，安装速度过慢，更改为国内源方案，编辑~/.Rprofile, 指定国内CRAN源：

options(repos=structure(c(CRAN=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)))

指定国内bioconductor源：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

options(BioC_mirror=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)

biocLite(“clusterProfiler”)

通过Rprofile自定义函数：

source.bioconductor <- function(){

            source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

            options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

}

通过调用source.bioconductor()函数，改变源并安装包

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作者：常玉俊bioinfo

来源：CSDN

原文：https://blog.csdn.net/chang349276/article/details/79295821

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