maftools

maftools函数可以主要分为可视化和分析模块，使用read.maf读取MAF文件，然后将生成的MAF对象传递给所需的函数进行绘图或分析。

官网说明书：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/maftools/man/maftools.pdf
输入文件：MAF（Mutation Annotation Format）格式
参考网址：
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html

【maftools算法】
MAF格式
官网格式：https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/
MAF是非常常见的描述基因突变的文件形式。
【增添maf文件格式内容】
运行过程
将队列中的素有样本进行合并，利用maftools软件绘制出整个队列的突变全景图。根据突变在队列中的复发情况，鉴定驱动基因，根据突变在每个样本中的出现情况鉴定突变互斥与突变协同的基因对。结果如下：
1.安装
使用bioconductor安装R包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("maftools")
library(maftools)

2.读入数据

laml = read.maf(maf = maffile)
参数解释：
读入文件，read.maf函数，读入MAF文件

getSampleSummary(laml) #展示样本的信息
getGeneSummary(laml) #展示基因的统计
getClinicalData(laml) #临床和样本关联信息
getFields(laml) #展示MAF文件的各个变量

3.自定义颜色
vc_cols = RColorBrewer::brewer.pal(n = 8, name = 'Paired') # 使用RColorBrewer的颜色
names(vc_cols) = c(
'Frame_Shift_Del',
'Missense_Mutation',
'Nonsense_Mutation',
'Multi_Hit',
'Frame_Shift_Ins',
'In_Frame_Ins',
'Splice_Site',
'In_Frame_Del')

Missense_Mutation 错义突变
Frame_Shift_Del 移码缺失突变
Frame_Shift_Ins 移码插入突变
Nonsense_Mutation 无义突变
Splice_Site 剪切位点
In_Frame_Del 框内缺失
In_Frame_Ins 框内插入
translation_start_site 转录起始位点
nonstop_mutation 终止密码子突变

print(vc_cols) # 查看变异类型对应的颜色