InterPro本地搜索domain

0.参考

https://interproscan-docs.readthedocs.io/
https://github.com/ebi-pf-team/interproscan?tab=readme-ov-file

1. 安装

#conda 安装很方便
conda create -n interpro -c bioconda interproscan
conda activate interpro

2.下载更新数据库

#使用filezilla比wget要快40倍
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.65-97.0/interproscan-5.65-97.0-64-bit.tar.gz
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.65-97.0/interproscan-5.65-97.0-64-bit.tar.gz.md5
#不要忘记校验
md5sum -c interproscan-5.65-97.0-64-bit.tar.gz.md5

3.解压替换

tar xvzf interproscan-5.65-97.0-64-bit.tar.gz
rm -rf ~/miniconda3/envs/interpro/share/InterProScan/data/
#conda 安装的是旧版interproscan，全部拷贝过去替换
cp -r interproscan-5.65-97.0/ ~/miniconda3/envs/interpro/share/InterProScan/

4.Setup

cd ~/miniconda3/envs/interpro/share/InterProScan/
python3 setup.py -f interproscan.properties

坑来了，报错

SSI index construction failed:
  secondary keys not unique: '100879' occurs more than once

原因：hmmer的版本高了，数据库里的HMM数据库1.75版本，应该用hmmer= 3.1b2

解决:
conda install hmmer=3.1b2
python3 setup.py -f interproscan.properties

5.运行

interproscan.sh -i all.fasta -f tsv -dp -cpu 12 

6.报错

要对应软件和数据库版本，不然运行时没有对应版本的数据库
举例，软件找是否有pfam=35，但是数据库提供了pfam=36
所以要对应版本，不使用conda安装好的interproscan.sh，而使用下载的interproscan-5.65-97.0/里的interproscan.sh