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Lecture 7: Eukaryotic Transcription - RNA Polymerases and DNA Elements

Segment 1: Eukaryotic RNA Polymerases

第一列是转运的RNA数量、第二列是转录的基因种类、第三列是产物

三种RNA聚合酶

Segment 2: The Structure of Eukaryotic RNA Polymerases

三种RNA聚合酶的亚基与原核的一种RNA聚合酶的亚基比较

Segment 3: The Structure of a RNA Pol II Promoter

核心启动子可以有1-3个，每一个都与通用转录因子GTF相结合以完成转录。

The Structure of a RNA Pol II Promoter 核心启动子前端的proximal promoter

转录因子TF对启动子的调控主要作用于core promoter前端的proximal promoter。

Segment 4: Enhancers

full promoter=proximal promoter+long range promoter element
而Enhancers就属于long range promoter element的一种。

增强子的机制

增强子会募集TF、nucleosome remodelers、发生组蛋白修饰，这些同样也会发生在启动子上。

Segment 5: Insulators隔离子

增强子激活
隔离子建立界限，称作染色质边界(chromatin boundaries)。

一类是增强子阻断隔离子，隔离增强子和启动子；
另一类是barrier insulators, 阻止一种染色质状态的传播。

Segment 6: Locus Control Regions基因座控制区

也称为超级增强子，与普通增强子的区别是它会作用在整套基因上，比普通的更大。

Segment 7: DNase I Sequencing

• 在增强子处探测转录：使用GRO-seq
• 但如果要识别位置则需要 DNase I Sequencing

Segment 8: Chromosome Conformation Capture (3C)染色体构象捕获

这种方法是用来检测染色体的不同区域相互作用的方式`，用HiC

Segment 9: Interpreting HiC Data

接着上一节，阐述怎样解释数据

Segment 10: Observations from HiC

通过数据看到了什么？

• 染色体之间很弱的相互作用
• 染色体内部最常见的是成环而不是交叉

Segment 11: ChIA-PET（Chromatin interaction analysis using paired-end tag sequencing,配对末端标签测序分析染色质相互作用)

可以用来检测某个蛋白是否参与染色体成环，本质上是ChIP与3C实验的结合。

Lecture 8: 真核转录的起始和延展

Segment 1: GTFs of RNA Pol II Transcription Initiation

TFII A-H

Segment 2: Mechanism of RNA Pol II Transcription Initiation

三种转录酶的转录过程都需要TBP

TFII D包含TATA binding protein(TBP)；首先结合到DNA上 TFII A用来稳定TFII D；并非起始必须的g TFII B结合过来 聚合酶与TFII B结合，诱导TFIIF与之结合 招募TFII E 招募TFII H。TFII H的功能一是将双链DNA推向转录起始位点；第二个功能 TFII H的第二个功能是招募CyclinT1/CDK9，它能够使RNA聚合酶II的末端区域CTD磷酸化

Segment 3: Pol II C-Terminal Domain (CTD) and the Mediator

CTD磷酸化后会释放mediator，这会刺激启动子释放或者清除 从而导致了转录的延伸

Segment 4: Post-Initiation Events

起始之后会发生promoter proximal pausing现象，它由一对起始因子介导，一个叫作NELF 另一个叫DSIF，它们结合到DNA上，抑制早期的持续性转录。之后DSIF和NELF会被磷酸化而脱落，他们的抑制作用消失

Segment 5: GRO-Seq and Bidirectional Transcription双向转录

没有TATA框的启动子都是双向转录的，而有匹配TATA框的序列的启动子单向转录。GRO-Seq可以看到双向转录。