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没有"DataSetFromMatrix"这个函数

没有"DataSetFromMatrix"这个函数

作者: 医只蜗牛 | 来源:发表于2021-07-17 23:41 被阅读0次

    今日,运行代码
    出现错误;

    Error in DataSetFromMatrix(countData = mycounts, colData = metadata, design = ~sample, :

    没有"DataSetFromMatrix"这个函数

    
    #构建 DESeq对象
    library ("DESeq2")
    dds <- DataSetFromMatrix(countData=mycounts, 
                             colData=metadata, 
                             design=~sample,
                             tidy=TRUE)
    ##出现报错:
    Error in DataSetFromMatrix(countData = mycounts, colData = metadata, design = ~sample,  : 
      没有"DataSetFromMatrix"这个函数
    

    百度:
    BioConductor 结决 没有"DESeqDataSetFromMatrix"这个函数
    按照他所说的方法,未能解决。
    而且,很多是他衍生出来的文章,也不标注出处。最近的一个是2021.7.10。

    最终在这找到了答案。

    DESeq2 "DESeqDataSetFromMatrix" error

    #DataSetFromMatrix改成:DESeqDataSetFromMatrix即可
    #如下:
    library ("DESeq2")
    dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=mycounts, 
                             colData=metadata, 
                             design=~sample,
                             tidy=TRUE)
    
    image.png

    未报错,运行成功

    感悟:多数文章一大抄,经不起验证。且未注明出处。这种行为很狗。

    ps:转载此文须注明出处。

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