今日,运行代码
出现错误;
Error in DataSetFromMatrix(countData = mycounts, colData = metadata, design = ~sample, :
没有"DataSetFromMatrix"这个函数
#构建 DESeq对象
library ("DESeq2")
dds <- DataSetFromMatrix(countData=mycounts,
colData=metadata,
design=~sample,
tidy=TRUE)
##出现报错:
Error in DataSetFromMatrix(countData = mycounts, colData = metadata, design = ~sample, :
没有"DataSetFromMatrix"这个函数
百度:
BioConductor 结决 没有"DESeqDataSetFromMatrix"这个函数
按照他所说的方法,未能解决。
而且,很多是他衍生出来的文章,也不标注出处。最近的一个是2021.7.10。
最终在这找到了答案。
DESeq2 "DESeqDataSetFromMatrix" error
#DataSetFromMatrix改成:DESeqDataSetFromMatrix即可
#如下:
library ("DESeq2")
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=mycounts,
colData=metadata,
design=~sample,
tidy=TRUE)
image.png
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