Macs2做差异peak分析

参考：https://github.com/macs3-project/MACS/wiki/Call-differential-binding-events

差异peak分析的软件很多，但是针对无生物学重复的单一样本来说，只能用MACS2的bdgdiff来实现。

1、预测插入片段长度(这一步还没理解)

这一步在call peak的时候会显示。即使没有记录，也可以通过predictd命令来查看

macs2 predictd -i Input_0h.rmdup.bam

#SRR13579713     total tags in treatment: 23713766 

                                predicted fragment length is 291 bps

#SRR13579715      total tags in treatment: 23914681

                                predicted fragment length is 294 bps

#SRR13579716      total tags in treatment: 21077141

#SRR13811453       total tags in treatment: 27928295

                                predicted fragment length is 137 bps

#SRR13811454       total tags in treatment: 23931262

#H3K4_input_0h      total tags in treatment:8847498

#H3K4_input_4h      total tags in treatment:21180079

2、call peak

做这一步的时候加上-B 让同时输出bedgradh格式。

macs2 callpeak -B -n "H3K27ac_hCG_4h" --keep-dup all -t SRR13579715.rmdup.bed -c SRR13579716.rmdup.bed -g mm --board-cutoff 0.1

3、差异分析

macs2 bdgdiff --t1 H3K27ac_hCG_0h_treat_pileup.bdg --c1 H3K27ac_hCG_0h_control_lambda.bdg --t2 H3K27ac_hCG_4h_treat_pileup.bdg --c2 H3K27ac_hCG_4h_control_lambda.bdg --d1 21077141 --d2 21077141 -g 60 -l 147 --o-prefix ac_0h_vs_4h

OK！！