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生物信息神奇网站系列(十四):基因组大小统计

生物信息神奇网站系列(十四):基因组大小统计

作者: 基因学苑 | 来源:发表于2019-07-17 08:25 被阅读0次

    基因组大小是生物一个明显的特征,一般来说越复杂的生物基因组大小越大,例如哺乳类大于鸟类,鸟类大于真菌,原核生物大于病毒。因为越复杂的生物需要越多的基因完成功能,不过也有很多特例,例如植物由于是多倍体,基因组大小可能非常大。知道一个物种,就可以对基因组复杂程度以及测序数据大小有个预估,这个指标还是很有意义的。目前已经测序出很多物种,当然可以通过基因组序列得到,也有一些网站收集已知物种基因组大小,方便查询。

    十四:基因组大小统计网站

    1、http://www.genomesize.com/ 网站主要收集动物基因组大小,可以直接根据物种名进行搜索。

    2、说到基因组大小,必须要提到C-value,在每一种生物中其单倍体基因组的DNA总量是特异的,被称为C值(C-Value)。物种的C值和它进化的复杂性之间没有严格的对应关系,这种现象称为C值悖论。

    3、 http://data.kew.org/cvalues/ 网站用来搜集植物C-values大小,通过换算可以推算出植物基因组大小。

    4、www.zbi.ee/fungal-genomesize/ 这个网站收集了真菌的基因组大小,不过需要进行查询,需要输入门纲目科属种等比较麻烦。

    5、http://www.sci.sdsu.edu/~smaloy/MicrobialGenetics/topics/chroms-genes-prots/genomes.html  这个网站搜集了一些原核生物的基因组大小,分为古细菌和真细菌,原核生物基因组大小比较小,一般小于10M 。

    Tips:

    1、如果没有查询不到对应物种基因组大小,可以查找近源参考序列。

    2、测序完成之后,可以利用生物信息的方法推测基因组大小。

    3、利用实验的方法是使用流式细胞仪估计基因组大小。

    4、当测序物种越来越多,原核生物,真菌,植物,动物等基因组还是具有一定的规律性的。

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