1. BWA比对fastq测序序列
bwa mem -t 16 /xxx/database/reference/bwaind_ucschg19/hg19.fa -M xxx_R1.fastq.gz xxxx_R2.fastq.gz > xxx.sam
samtools view -bS xxx.sam > xxx.bam
samtools sort xxx.bam -o xxx.sort.bam
samtools index xxx.sort.bam
2. blastn比对序列
第一步，构建序列数据库
makeblastdb -in ref.fa -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -out xxx
ref.fa为参考基因组序列，其格式为：
>D1
ATCGATCG
>D2
GCTATACG
第二步，比对
blastn -query seq.fa -db xxx -evalue 1e-5 -num_threads 10 -max_target_seqs 5 -outfmt 6 -out result.txt
-query为待比对的序列文件
-db为参考基因组序列的位置
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