samtools是一套与高通量测序数据相交互的程序。它由三个独立的存储库组成：
Samtools：读取/写入/编辑/索引/查看SAM / BAM / CRAM格式的文件
BCFtools：读取/写入BCF2 / VCF / gVCF文件以及调用/过滤/汇总SNP和短indel序列变体
HTSlib：一个用于读取/写入高通量测序数据的C语言库

Samtools和BCFtools在内部都会调用HTSlib，但这些源包包含它们自己的HTSlib副本，因此它们可以独立构建运行。
samtools – Sequence Alignment/Map (SAM) format 序列比对（SAM）格式的实用程序。是操作BAM格式文件比对的实用程序。它从SAM(序列对齐/映射)格式导入和导出，进行排序、合并和索引，并允许在任何区域快速检索读取。
Samtools被设计用来进行流程化操作。它将输入文件' -'视为标准输入(stdin)，将输出文件' -'视为标准输出(stdout)。因此，可以将多个命令与Unix管道组合在一起。Samtools总是将警告warning和错误error消息输出到标准错误输出(stderr)。
如果BAM文件名以“ ftp：//”或“ http：//”开头，Samtools也能够在远程FTP或HTTP服务器上打开BAM（而非SAM）文件。 Samtools将检查当前工作目录中的索引文件，并在缺少索引时下载索引。 除非被要求，否则Samtools不会检索整个比对文件。

相关命令

samtools --version：显示samtools的版本号和版权信息以及samtools使用的重要库。 图片.png

samtools --version-only：以机器可读的格式显示完整的samtools版本号。

图片.png

每个命令都有自己的手册页详细介绍，可以使用man samtools-view（或man samtools view）命令进行查看。下面是对一些命令的简要描述：

• view命令：可以作为一种文件格式（SAM、BAM、CRAM）转换的命令。