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【R>>oncmineR】快速获取Oncomine页面数据

【R>>oncmineR】快速获取Oncomine页面数据

作者: 高大石头 | 来源:发表于2021-05-19 21:02 被阅读0次

    太长不看版:

    save as MHTML浏览器插件下载网页内容,oncomineR提取页面内容。

    操作流程

    1.下载并安装save as MHTML到浏览器

    2.安装oncomineR

    devtools::install_github('yikeshu0611/oncomineR')
    library(oncomineR)
    

    3.登陆Oncomine网站,查找信息

    以PTTG1为例,在Oncomine中查找到相应数据集。


    将网页另存为mhtml格式

    4.oncomineR::oncomine读取网页内容

     r <- oncomine("oncomine.org.mhtml")
    

    柱状图57个样本的表达数据就这样轻松收入囊中,是不是很神奇?

    示例

    共表达基因分析



    曾经帮师兄一点一点的记录这些数据,现在mama再也不用担心我做这些重复性的 工作了。衷心感谢树神!

    不禁感叹:树神出品,必是精品!
    参考链接:
    oncomineR
    oncomine 数据库及R包安装

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