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Ubuntu18.04与Ubuntu20.04 下快速安装R 与

Ubuntu18.04与Ubuntu20.04 下快速安装R 与

作者: 煮梦斋_bioinfo | 来源:发表于2020-03-08 20:01 被阅读0次

    Ubuntu20.04亦可用,检测日期2021_02_27

    安装R4.0

    下载源代码tar.gz包自己编译,先下载R4.0.

    wget https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.0.0.tar.gz
    tar -xf R-4.0.0.tar.gz
    

    开始安装R, 这里添加--with-x=yes及--with-readline=yes是为了显示图片

    cd  R-4.0.0
    ./configure  --enable-R-shlib=yes --with-x=yes --with-readline=yes
    

    这个过程大概率会报错出各种依赖环境没安装的错误,可以依次安装

    sudo apt-get install readline-common
    sudo apt-get install libxt-dev
    sudo apt-get install texinfo
    sudo apt-get install texlive
    sudo apt-get install zlib1g
    sudo apt-get install zlib1g-dev
    sudo apt-get install texlive-fonts-extra
    sudo apt-get install libreadline-dev
    sudo apt-get install liblzma-dev
    sudo apt-get install libpcre3-dev
    sudo apt-get install libpcre2-dev
    sudo apt-get install libpcre++-dev
    sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
    sudo apt-get install openjdk-11-jdk
    sudo apt-get install libbz2-dev
    

    如果在安装过程中仍然有依赖环境没解决,有个一劳永逸的办法可以尝试:

    sudo apt --fix-broken install
    

    接着开始生成make文件和安装

    sudo make
    sudo make install
    

    R 就安装好了,对于跟我一样的新手来说,一定记得不要改变R默认系统安装路径,否则后续安装RStudio的时候会报错:

    Error in RStudioGD() :  Shadow graphics device error: r error 4 (R code execution error)
    

    安装rstudio

    下载rstudio deb包

    wget https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.3.1073-amd64.deb
    

    将rstudio deb包拷贝至r安装包目录下,并安装:

    cp rstudio-1.3.1073-amd64.deb R-4.0.0.tar.gz
    sudo dpkg -i rstudio-1.3.1073-amd64.deb
    

    同样应该会报出需要安装依赖:
    常见的需要安装的依赖是

    sudo apt-get install libclang-dev
    

    如果在安装过程中仍然有依赖环境没解决,有个一劳永逸的办法可以尝试:

    sudo apt --fix-broken install
    

    再运行

    sudo dpkg -i rstudio-1.3.1073-amd64.deb
    

    最近发现安装包总显示'XXX.o'文件找不到(2020.09.09),
    有个办法可以尝试下,加入dependencies = TRUE:

    install.packages('rio',dependencies = TRUE)
    

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