《学习小组Day3笔记--范若辰》

• 感谢豆豆和花花提供的文字版学习资料，另外我在安装miniconda的过程中参考了徐洲更的视频，这个视频帮我解决了在安装miniconda过程中环境配置的问题，是一个很完整的安装教程，网址如下：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?p=6

• miniconda的安装及环境的设置

  • 首先，miniconda分为两个版本：

    • miniconda2：支持python2环境

    • miniconda3：支持python3环境

  • 生信分析大多用到的是python3环境下的软件，因此安装python3环境的miniconda3.

  • 下载：利用wget从anaconda官网下载得到的软件是.sh后缀的shell脚本文件，利用bash + 文件名即可运行下载程序；在是否使用conda默认环境的过程中我参照了徐州更的方法选择了no，因此需要在全路径下找到miniconda的配置文件读取并执行。相关命令为~]$ sourec ~/miniconda3/bin/activat 启动conda环境

  • 最后是添加镜像源，这一部分我的理解是:conda通过查找添加的channel找到相关软件，因此添加国内的镜像源能够极大的加快速度，我参照网上视频，教程，及豆豆和花花的资料总结了如下的channel：通过~]: $ vim ~/.condarc 命令进入.condarc文件粘贴即可。

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - defaults
show_channel_urls: true

• 软件安装

  • 查找软件：查找软件有两种方法

    • 1. conda search NAME命令：这种方法比较便利，但是会浪费时间；而且我用这种方法总是遇到HTTP出现问题。

    • 2.在conda的官网中查找，截图如下，这里面有你要的全部信息，而且附赠下载地址链接多个，一个不行就换一个，总有一款适合你。
      

      Miniconda官网.png

  • 安装软件：由于我也是生信还未入门的小白，安装的软件不超过10个，因此还没有踩过什么大坑，简单的只有几个感悟

    • 1.注意软件的安装环境：通过~]$ conda info --envs查看conda有哪些环境以及当前运行的环境

    • 2.创建新的环境：~]$ conda create -n +环境名称（如CHIP-seq）+环境指定软件（如python=3）+ 相关应用软件(如fastqc)

    • 3.查看环境变量：~]$ echo $PATH

    • 4.将软件链接到常用路径之下:~]$ ln -s

    • 5.删除环境或软件

      • 1)~]$ conda remove -n +环境 --all

      • 2)~]$ rm -rf ~/miniconda/...
        

        path.png

更具体的操作详见生信星球：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247483691&idx=1&sn=ac34d79497d094764d5d58726d00f07f&chksm=fdf84969ca8fc07f28604ccda852eb6ef92a49eabf2787c5d0e02437fdd75e6bab186ad87c15&scene=21#wechat_redirect