写在前面：首先这是一门售价为 0.01 元的视频课，应该买不了吃亏和上当哈~ 而且和我本人没有任何关系，单纯觉得还蛮有用，推荐一下哈~
具体课程目录举例见下图，都是基础中的基础，性价比较高，如果你也是湿实验出身，毫无生信基础，可以考虑看看这些内容哦。
课程部分截图
正文在这：
这个课程其实我在研二的时候看过一部分，上面截图里的圈圈就是我看过的记录，然而当时懵懵懂懂，看的内容也是一知半解，且这个视频内容大多是基于一个生信软件TBtools（简书可搜：生信札记），这对于当时天天忙于做实验的我，实用性不高。
回到现在，因为疫情只能在家学习，写文章之余发现确实有很多分析结果需要这些生信软件的支撑，这也让我明白了结合实验和生信的必要性。所以，当我开始自学TBtools的时候，也顺便把这个视频课捡起来看看。都说好记性不如烂笔头，更何况我记性也不太好，所以就边看边总结，有助于加深印象，防止自己以后忘记了又要重新开始哈哈哈。
1 已知基因家族成员下载——NCBI
首先基因组数据库有很多：NCBI，EMBL，DDBJ，JGI 等等，最常用的NCBI：
根据你想下载的内容选择 Nucleotide 或者 Protein，输入物种拉丁名和家族名称然后search，如：
选择 Nucleotide 或者 Protein，而不是Gene！
下拉选择你需要的内容，勾选，右上角Send to ——》File ——》Format：FASTA ——》Create File，即下载成功。
File ——》Format：FASTA
2 根据发表文献中ID获取序列（TBtools的应用）
① Sequence Toolkit ——》NCBI sequence Fetch ——》NCBI sequence download：可以根据序列的 Accession number 或者 GI number 在本地进行下载，批量下载换行即可
Accession number 或者 GI number 在这里
② Sequence Toolkit ——》Fasta Tools ——》 Fasta Extract：可以根据文献中的某家族成员ID，在总的基因组序列文件中进行提取
我想提取的序列们，只需粘贴ID即可
3 GFF文件的下载——NCBI
GFF文件：里面包含基因的外显子和内含子等信息，方便基因结构的分析。而且如果下载了GFF格式无法打开，可以用TBtools里面 Other——》Big File Previewer，然后将文件拖拽尽力即可快速查看：
TBtools查看
或者win+R，打开cmd，cd Desktop是打开桌面的意思，回车打开，more+想要查看的文件名，可输入一部分，后面tab补齐，再回车即可查看：
cmd查看
那么，去哪儿下载GFF文件？ NCBI上先选Genome，再输入拉丁名，一键search。
可分为1或2两种下载方式
1.点GFF直接下载。
2.GenBank选择想要的基因组版本，可以找到更多更全面的基因组信息，如下图：
GenBank里信息更多更全面
4 GFF文件的下载——其他数据库
讲的动物，人类，木薯啥的基因组下载，好像用不太到哦。
5-8 本地blast的应用
因为TBtools也支持blast功能了，我就直接用TBtools了。
根据下载的文件，本地进行blast
blast步骤图
visualize之后，选择不同的可视化模式，关闭窗口即可。
选择显示模式
blast结果的可视化
9 CDD确定结构域
CDD：CD-search工具：鉴定蛋白质或者核酸序列内保守结构域。Batch啥意思，批量的意思，所以之后你看到带Batch的就知道，哦，这个是批量处理工具，比如点开CDD页面正中间的：
学以致用厉害吧
然后输入蛋白序列，submit，就能找到输入序列的保守功能结构域哈。需要注意的一点是，当你把结构域结果下载下来，表格中有一项 Incomplete，“-” 则表示正常，“C或者N” 则需注意（据我推测可能表示比对到保守结构域的C端或者N端？）。这个时候我们需要剔除比对长度小于50%的序列，举例来说，如果A结构域是100，但是你只比对到49，那这个比对结果可能不可靠，剔除。
10 Pfam确定结构域
Pfam：蛋白质家族的集合，每个蛋白家族由多序列比对和Hmm模型的形式表示。
点进Pfam网址后，输入你的蛋白序列和邮箱，submit。网页上的结果不如邮箱全面，所以直接看邮箱结果即可。同样，如果有较短的结果，不可靠，需要剔除。
11 进化树
这题我会做，下一个。进化树步骤
12 基因结构绘制——TBtools
phytozome，植物的基因组序列数据库，需要注册。然后下载所需的gene.gff文件（1）。
确定你想绘制的所有基因的ID，整理到成一个txt（2）。
gff文件示意图
全部设置好之后start
调整颜色格式之后，Save Graph保存矢量图。
如果还想在基因结构左侧加一个进化树，那么用mega做好进化树，并保存为Newick（.nwk）格式，并且保证基因去CD search时候的顺序和进化树里的顺序是对应的。
将.nwk文件用Notepad打开，复制，粘贴到上图输入（2）的位置，再输入CD search的结果，start即可。
OK，今天先听到这里，视频课如果感兴趣的话，关注我吧，回复“基础”，即可获取视频链接哦~
今天吃了橙子
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