写在前面：从.CEL格式原始数据下载，到最终关键基因筛选（非hub基因）和初步验证，整个流程，目录还会增加。会涉及R及众多R包（最关键的是maSigpro和WGCNA），统计，ggplot2，cytoscape等。目标还是和前面的RNA-seq流程一样，你可以从头到尾一直重复下去。
先放张图片
内容会很长，最近事情多，更新会比较慢。感兴趣的可以按照这个思路去自己摸索。
目录
1：NCBI原始数据下载（直接下载或wget）
2： 原始数据下载后的整理
3：芯片质量控制
4：芯片数据预处理得到表达水平数据
5：基于maSigPro包时间序列差异表达基因(DEGs)筛选
6：DEGs的生物功能富集分析(GO+KEGG):clusterprofiler包
7: 权重基因共表达网络的构建及分析（WGCNA）
8: 关键模块和关键候选因子筛选
- 8.1 hub基因的筛选（基于WGCNA）
- 8.2 差异基因PPI网络的建立和分析
- 8.3 可能的关键模块中候选关键基因分析
- 8.4 转录因子和microRNA分析
- 8.5 潜在关键基因的识别（功能未知或未注释基因）
9: 关键因子的初步验证
- 9.1
- 9.2
- 9.3
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