从前，在法国南部，有一个叫做兰斯昆尼特的小镇。生活在这里的人，世世代代都遵循宗教所倡导的严格的道德标准。他们习惯于节制欲望，甚至到了压抑天性的地步。在这里，人们时时刻刻互相监督、互相提醒。
直到有一天，一个女巧克力师，薇安，带着女儿来到这里生活。她在这里开了一家巧克力店。逐渐地，薇安用巧克力敲开了小镇居民们关闭已久的心扉。原本冰冷而压抑的小镇，开始变得欢乐、热情、包容。
最初，小镇的人们，都是保守而沉闷的。这一点也体现在衣着上。人们穿的衣服都是各种黑色、灰色之类暗沉的颜色。
而薇安和女儿来到小镇的那天，穿的是鲜红色的斗篷。从一开始，就预示着薇安的到来会对小镇的固有传统造成严重的冲击。
从薇安带着女儿入住小镇开始，小镇上保守势力的代表，雷诺镇长就看她不顺眼：比如，薇安衣着颜色鲜艳，款式时髦而性感，这不符合小镇上低调保守的审美规范。比如，薇安不但拒绝像其他人那样去教堂做弥撒，竟然还在四旬斋期间开巧克力店。比如，薇安没结过婚，却生下了一个女儿——她竟然丝毫不感到羞耻。
小镇上还有很多居民，表面上严肃、刻板，追求节制而高尚的生活方式。但在内心深处，他们有对生活的热情、对爱的追求、对自由的向往无处释放。碍于别人的眼光，只得装作心如止水的样子。薇安的到来，彻底唤醒了他们尘封已久的心灵。
（一）
孑然一身的布列罗老先生，爱慕着寡妇奥德夫人。奥德夫人之前的丈夫在战争中去世，已经是很多很多年之前的事情了。
但是在这个小镇中，为了避免招来别人异样的目光，奥德夫人仍然整天一身黑衣地为丈夫守丧。
布列罗老先生与奥德夫人彼此爱慕，但是谁也不敢往前多迈出一步。
薇安鼓励布列罗老先生买贝克巧克力送给奥德夫人，帮助他踏出这一步。
最后，在影片的结尾，两位老人的手紧紧地握在了一起。
（二）
小镇上的女人约瑟芬，年轻时出于无奈，嫁给了丈夫塞尔吉。塞尔吉对待她并不好。塞尔吉会家暴她，不尊重她，称她为“笨母牛”。约瑟芬害怕成为小镇上的异类，因此强迫自己融入小镇的生活。她去教堂告解、整理花园、伺候自己并不爱的丈夫。约瑟芬时时活在痛苦与恐惧之中。
薇安鼓励并帮助约瑟芬逃离丈夫塞尔吉。薇安为约瑟芬提供工作与住所。帮助她摆脱塞尔吉的纠缠。约瑟芬也学会了如何反抗从前不堪的婚姻。
（三）
薇安的房东老太太，阿曼黛，崇尚享乐、自由的生活方式，她说脏话、看黄色书刊、随心所欲地大吃大喝。她有一个女儿，卡罗琳，和她相反，卡罗琳高贵、优雅、不苟言笑。在卡罗琳的丈夫去世之后，卡罗琳独自带着儿子，也就是阿曼黛的外孙，路克生活。
阿曼黛看不惯卡罗琳用严厉而古板的教育方式对待外孙路克。卡罗琳也担心阿曼黛的生活方式对路克产生负面影响。因此，她们的母女关系一度僵持。卡罗琳也不允许路克去阿曼黛那里。
看到这一切的薇安，鼓励路克偷偷去看望外婆。在薇安的巧克力店里，路克给外婆画像，听外婆读诗。一同分享巧克力蛋糕。阿曼黛教育路克如何热爱生活、及时行乐。直到后来，阿曼黛因为年龄和疾病去世。去世时带着与外孙团聚及充分享受生活的满足感。
而卡罗琳最终也被薇安、阿曼黛、路克等人对生活的态度所感染，从而走出了过去如同死水般的生活。甚至在薇安即将对小镇失去信心，打算离开小镇时，主动加入了挽留薇安的队伍中。
（四）
薇安用“危地马拉的魔法可可”巧克力，将一对中年夫妻从平淡而麻木的日常生活中拯救出来。帮助他们在彼此身上重新找到了久违的激情。
（五）
有一些以船为家的船民，会不时地经过小镇，做点小生意。小镇居民在过去，对他们非常抵触。认为他们是“水上的老鼠，社会的败类。浑身带着可怕的疾病和犯罪的欲望。”
雷诺镇长甚至状告到议会，企图借用议会的力量强迫船民们迁走，但是以失败告终。
在雷诺镇长的带领下，小镇居民对船民们也表现得极为不友善。当船民劳克斯带着女儿到小镇的咖啡馆，想买一杯苏打水。咖啡馆主人塞尔吉说：“我们不服务动物。”
薇安不认为船民们仅仅因为与小镇居民有着不同的生活方式，就应该被排斥。尽管克劳斯提醒过薇安：“和我们做朋友，其他人会视你为敌。”但是薇安不在乎。薇安与船民们，都是这个小镇中的异类。薇安拒绝妥协，拒绝改变自己的信仰与生活方式。也拒绝因为别人的眼光而加入到排斥、孤立船民的队伍中来。
当薇安的女儿安露克察觉到来自小镇一些人的敌意时，薇安告诉她：与众不同并不容易。就算我们和别人一样去教堂，我们的日子也并不会更好过。
薇安与船民劳克斯成为了朋友。并邀请劳克斯来参加自己为阿曼黛举办的生日派对。渐渐地，劳克斯一点点被小镇的居民们接纳。
（六）
雷诺镇长是小镇守旧势力的代表。他勤奋、谦虚、严格自律。他虔诚地信仰着上帝，是个忠诚的信徒。作为镇长，他以自己的道德标准来引导、管理这个小镇。并能够做到以身作则。
雷诺镇长对于不符合自己道德标准的人和食物，持绝对否定的态度。会把他们视作小镇的公敌，比如薇安，比如船民。甚至会用不光彩的手段打击这些“敌人”。
在他发现薇安在四旬斋，也就是本该斋戒的期间开了巧克力店时，他非常愤怒。甚至他不惜在背后，装作不经意地向别人强调，薇安非婚生女。从而暗示这个女人生活不检点。阿曼黛评价雷诺镇长为“一个高尚的小人”。
雷诺镇长的妻子因为无法忍受他们的婚姻而离开了他。但是雷诺镇长不愿意对别人承认他的婚姻是失败的。因为他认为，婚姻是具有神圣性的。他宁愿说谎，说他的太太去威尼斯旅行了。而回到家后，心有不甘的他，只能通过用剪子剪坏太太的旧衣服来发泄沮丧与怒火。
后来，雷诺镇长逐渐发现，薇安和她的巧克力店越来越受小镇居民们的欢迎。自己对于小镇的掌控力越来越弱。甚至连自己曾经最忠诚可靠的盟友卡罗琳，也开始和薇安成为朋友。雷诺镇长开始感到迷茫，因为他一直以来所坚信的“严守道德，抵制欲望”的价值观开始被动摇。
终于，失去了理智的雷诺镇长，半夜偷偷闯进薇安的巧克力店，想要毁掉薇安为复活节而布置的巧克力橱窗。雷诺在薇安的店里，不经意尝到了一口巧克力，然后就一发而不可收拾。在橱窗中大口嚼着巧克力，甚至停不下来。这不仅仅是因为在斋戒期间，雷诺长期未进食。更是因为雷诺镇长长期以来，为严守心中的道德规范而刻意压抑的人性和欲望开始复苏并爆发。
就这样，薇安用热情和真诚融化了这个小镇居民心中的坚冰。正如影片结尾，小镇教堂的牧师在复活节的致辞：
“我们不应该以我们不做什么来评价美德。根据那些标准，我们否认自我、排斥异己。我们应该这样衡量美德：以我们能够包容什么、创造什么，以及我们所接纳之人。”
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