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immunedeconv踩坑记录

immunedeconv踩坑记录

作者: 小熊_wh | 来源:发表于2023-06-17 22:39 被阅读0次

    immunedeconv包号称可以利用多种算法进行免疫细胞比例计算,包括quantiseq、timer、cibersort、cibersort_abs、mcp_counter、xcell、epic、abis、consensus_tme、estimate这些算法。但是在实际使用中会碰到各种难题,首先是安装就麻烦,具体见免疫细胞估算R包immunedeconv安装,现在就具体几种算法遇到的问题一一记录。

    1. mcp_counter

    mcp_counter
    网上搜索了下,说是DNS源污染的问题。
    解决:win+R 打开win10命令提示符,输入

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