生信地基系列--Bioconductor 中的注释包

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Bioconductor 中有三种主要的注释类型：

• Gene centric (以基因为中心)AnnotationDb packages:
  • Organism level: e.g. org.Mm.eg.db.
  • 生物体水平: 例如 org.MM.eg.db。
  • Platform level: e.g. hgu133plus2.db, hgu133plus2.probes, hgu133plus2.cdf.
  • 平台级别: 例如 hgu133plus2.db、 hgu133plus2.properties、 hgu133plus2.cdf。
  • Homology level: e.g. hom.Dm.inp.db.
  • 同源级别: 例如 hom.Dm.inp.db。
  • System-biology level: e.g. GO.db.
  • 系统生物学水平: 例如 GO.db。
• Genome centric (以基因组为中心)GenomicFeatures packages include:
  • Transcriptome level: e.g. TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, EnsDb.Hsapiens.v75.
  • 转录组水平: 例如 TxDb. Hsapiens.UCSC.hg19.known Gene，EnsDb. Hsapiens.v75。
  • Generic genome feature: can generate via GenomicFeatures.
  • 通用基因组特征: 可以通过基因组特征生成。
• One web-based resource accesss (一个基于网络的资源访问) via biomaRt package:
  • Query web-based ‘biomart’ resource for genes, sequence, SNPs, and etc.
  • 查询基于网络的“‘biomart’”资源，包括基因、序列、 SNP 等。

使用 AnotationDb 对象

AnnotationDb 是所有注释包的虚拟基类。它包含一个数据库连接，并且意味着是 Bioiconductor 注释包中一组类的父类。这些类将为广泛可用的选择方法集提供一种分派手段，从而允许从注释包中轻松提取数据。
所有基于 AnnotationDb 对象的注释包都公开一个名称与包本身完全相同的对象。

select,columns和keys一起用于从AnnotationDb对象（或从该类派生的任何对象，如ChipDb，OrgDb，GODb，InparanoidDb，ReactomeDb 等）中提取数据：

（x 代表一个 AnotationDb 对象）

• columns(x)：显示返回哪些类型的数据。

• keytypes(x)：允许用户输入哪些数据类型，有哪些 keytypes 可以用作 select 或 keys 的 keytypes 参数

keys(x, keytype, …)：返回包含在AnnotationDb对象中的数据库的键。

• select(x, keys, columns, keytype, ...)：基于 keys, columns 和 keytype 以 data.frame 数据类型返回数据，可以是一对多的关系。

• mapIds(x, keys, column, keytype, …, multiVals)：获取一组具有特定键类型的键的映射 ID（列）。通常作为命名字符向量、列表甚至 SimpleCharacterList 返回。

• SaveDb 将获取一个 AnnotationDb 对象，并将数据库保存到由传递到 file 参数的路径指定的文件中

• LoadDb 需要一个Sqlite 数据库文件作为参数，并使用该文件的元数据表中的数据返回适当类型的 AnnotationDb 样式对象。

library(org.Hs.eg.db)
class(org.Hs.eg.db)

GO.Db 和 org.Hs.eg.db 是 GO 注释的副本。GO.db 每6个月更新一次，每次更新一次 Bioiconductor。同时还使用 GO.db 更新 org.Hs.eg.db。BioMaRt 连接到存储信息的服务器，因此它将是最新的。如果你想要一个稳定的版本，你可以使用 GO.db 或 org.Hs.eg.db，如果你想要最新的(从昨天开始)数据，每次你做分析的时候，你可以使用 biomaRt。

Understand Bioconductor Annotation Packages | Yiwei Niu's Note

Bioconductor - 3.16 AnnotationData Packages
Genomic Annotation Resources (bioconductor.org)