TCGA获取特定基因的CNA

作者: CrimsonUMO | 来源:发表于2022-11-20 15:10 被阅读0次

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这次用网页工具直接下载整理好的CNA文件
首先进入网站：
https://www.cbioportal.org/

主界面

在红框处输入想要的队列。这里以TCGA-LIHC为例。因为这次需要获取的是特定的感兴趣基因的CNA，因此直接选择Query By Gene。

选择基因

在新的页面中，选择需要的数据类型。Mutations是体细胞突变，Copy-number alterations是拷贝数变异，mRNA Expression是表达量。
在下面的输入框中输入感兴趣基因的Symbol，最后点击Submit。

最后一步
最后选择Download选项卡，选择合适的数据类型进行下载就可以了。
Tab Delimited Format是制表符分割的，在R中可以直接用read.table读入，sep = "\t"。

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