前期软件准备

一、R的安装

依据自己的系统安装对应版本的R，我用的是windows系统。
R安装包镜像网站：The Comprehensive R Archive Network (tsinghua.edu.cn)（清华大学）

图1 R的下载
如图一所示，按照序号逐步点击，我的电脑上R许久没用了，重新下载了一遍。
下载好后按照提示进行逐步操作，可选择自定义安装将位置选在自己想要的地方，但是注意路径中一定不能存在中文。

二、Rstudio的安装

Rstudio安装包下载地址：Download RStudio | The Popular Open-Source IDE from Posit我们可以选择免费版本

图2 Rstudio的下载按照提示进行安装注意：需要将R与Rstudio的安装在同一路径下

三、IRscope源代码的下载

1.在github上下载好IRscope的源代码，具体地址：https://github.com/AmiryousefiLab/IRscope

图3源代码下载
2.如图所示，下载code处的压缩包，最好将压缩包放到一个特定的文件夹后进行解压缩
3.点击解压缩后的IRscopeV0.1.R文件，选择用Rstudio打开，打开后如图所示

图4

此时还不能直接运行IRscope,需要下载"seqinr","ape","shape","diagram","reutils","snow","snowfall","knitr","shiny","jpeg"几个依赖包，代码如下

install.packages(c("seqinr","ape","shape","diagram","reutils","snow","snowfall","knitr","shiny","jpeg"))

此外，还需要注释掉以下几行代码，否则会出现以下错误

Listening on http://127.0.0.1:4459
Warning in file(con, "r") :
  无法打开文件'dogma.txt': No such file or directory
Warning: Error in file: 无法打开链结
  40: file
  39: readLines
  38: server [D:/share/Dvpmz96A63ec8f242bd31/IRscope-main/IRscopeV0.1.R#2891]
   1: runApp
Error in file(con, "r") : 无法打开链结

我们需要注释掉以下几行代码，然后就可以正常运行了。

2891     #doog <- readLines("dogma.txt")
2902     #pic1 <- readJPEG("IR1.jpg")
2903     #pic2 <- readJPEG("IRprevioustest.jpg")
2926     #data <- readLines("IRscope.R")

完成后需要检查R包是否下载成功，将光标移到library(seqinr)后，ctrl+enter,成功则不会报错，其他包检查方法一样，若没成功再下载一遍。
4.运行IRscope
一切准备就绪后点击Rstudio右上角的Run App按钮，开始运行，如图所示

图5 本地化的IRscope 然后就可以像网页端一样操作了