生信 | IGV Web快速搭建（无需root，无需更改配置文件

最近需要将ATAC-Seq生成的bw导入IGV查看peak的分布情况，但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再传到IGV里面太麻烦了，偶然间就看到了IGV官网上有一个叫做【igv.js】的东西，这一下让我想到了他可能和web服务多少有点关系，因此经过我的探索，成功将igv搭建到了服务器上面，并且无需root，无需更改配置文件。

主要参考两位大佬的文章：
【xuzhougeng】：【一个基于igv.js实现的python脚本，实现简单的网页版IGV】这篇文章实属厉害，能将igv转换为自己的东西，想必是对igv-webapp了解的比较透彻，我测试了他的igv_web.py脚本运行顺利，因此大家可以一试，但我想大概率会报错，可以和我简信，我告诉你如何解决，这里就不展开了

【Davey1220】：【如何轻松打造个人专属的IGV Browser】这篇文章可谓是一步一个脚印的搭建起来了web服务，不过需要root权限，主要就是Apache需要，igv-webapp倒是不需要。但还是话说回来了，一个学生哪里来的root权限？因此适用性较窄

效果预览：
我们最后搭建出来的和官方的一模一样，这是官方链接可以点进去看看：https://igv.org/app/

废话结束，正题开始

一、下载 igv-webapp.1.5.5.zip

• 官网：https://igv.org/app-archive/，不要再去github/gitee上克隆源码了！！！

wget https://igv.org/app-archive/igv-webapp.1.5.5.zip
unzip igv-webapp.1.5.5.zip
cd igv-webapp.1.5.5/resources
mkdir data
cd ..

二、使用python调用Web服务（无需root）

• 这真是我发现的宝藏功能，感兴趣的小伙伴可以去了解一下【SimpleHTTPServer】
  

#以下命令二选一
python3 -m http.server 7777
# python2 -m SimpleHTTPServer 7777

7777是端口号，因此在冲突的情况下会报错，报错就换其他的端口，比如说8888,9999,11111等等

三、在windows下映射服务器端口

• 这也是绝技，参考我的这篇文章【生信 | Linux安装jupyter notebook】
• 在windows下打开DOS，输入：

ssh -N -f -L localhost:7777:localhost:7777 -p 端口号 username@远程地址
#locahost:7777是指本地地址，localhost:7777是指远程地址，其中7777是在linux我们为igv-webapp开启的端口
#-p 端口号 username@远程地址是什么后面的看下面截图
#例如：
ssh -N -f -L localhost:7777:localhost:7777-p 22 yuanf@114.212.169.49
#这时候输入yes，DOS让输入密码，这个密码是我们登录liunx账户的密码

四、 打开浏览器，地址栏输入以下内容即可访问IGV Web

localhost:7777

五、如何实时导入服务器上的bam/bw或其他文件？？？

• 这其实才是大家关心的，也是我关心的！我们不需要再麻烦的配置文件了，因为我们可以通过左上角的【Tracks】==》》【URL】直接导入服务器中的文件