美文网首页
Infernal对RNA进行注释

Infernal对RNA进行注释

作者: 斩毛毛 | 来源:发表于2020-09-24 11:08 被阅读0次

    Infernal是一款用于注释RNA的软件,可以根据Rfam对RNA进行注释。

    安装

    可以选择Infernal下载进行安装
    或者使用conda

    conda install infernal=1.1.3
    

    使用

    • 下载Rfam数据库

    地址:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam
    可以下载最新的,本次下载是14.1/Rfam.cm.gz,并减压缩

    gunzip Rfam.cm.gz
    
    • 建库

    cmpress Rfam.cm
    
    • 检索

    cmscan --tblout test.out -E 1e-5 -o test.result Rfam.cm config.fa
    

    相关文章

      网友评论

          本文标题:Infernal对RNA进行注释

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ngszyktx.html