写在前面
近期课题需要，要计算超大量，反正是很多基因对的Ka/Ks值，于是我实现了这么一个功能，顺便打了一个GUI，毕竟现在很多时候，我涉及的生信分析，都是在windows下面做，或者说使用界面做的。
KaKs的计算
想起这个KaKs值，我想起了福建农的生物软件大流Raindy（高老师）。约莫是三年前，在高老师的提一下，一起写了EasyCodeML，主要是用来做正选择位点分析的，具体可参考 https://user.qzone.qq.com/58001704
事实上，从某个角度来说，codeML里面似乎就可以直接出Kaks？只是我确实看不懂结果。于是就没有后来了。
在后面的有段时间，不知道为何，似乎大家都kaks都很感兴趣，于是我也翻了一些资料，发现其中NG算法的计算逻辑比较简单，稍微写写就可以实现。于是就实现了。。。一直摆在TBtools中，未曾开放。
虽然说是随便写写，但其中还是有一些坑，
实现与使用
既然我早已实现，那么就拿出来用。于是有了下面
从界面来看，输入比较简单：
-
一个必须的cds序列文件（其中必须包括要用到的基因对对应的CDS序列），大体状态是
-
一个必须的基因对信息文件，大体格式是（注意，另存为 制表符分隔 的文本文件）：
- 一个可选的蛋白序列文件（fasta格式），如果没有这个文件，那么TBtools会使用标准密码子表，将CDS序列全部翻译为蛋白序列，作为分析使用
有了输入文件，那么将其拖拽到TBtools对应的文本框，点击Start即可（大概1w个基因对可能需要1个小时，具体未做绝对测试）
一般可能会画一些图，比如Ks画个柱形图之类
实现逻辑
- 遍历基因对文件
- 针对每个基因对，取出对应的蛋白序列（如果没提供蛋白序列，那么直接使用cds序列翻译成蛋白）
- 使用muscle对两个序列作比对
- 基于输入的cds序列，将蛋白比对结果转换成cds比对结果，于是，我们得到的codon alignment
- 基于NG计算逻辑，计算kaks相关各种值
- 输出
写在最后
嗯...刚才去看了下别的东西...
忘记要写什么了。
那就摆二维码，TBtools的两个使用交流群已经恢复。
由于我退了大部分生信群，所以从现在开始到后面很长时间，
TBtools的唯一更新地址可能是，
QQ群
需要更新的朋友，请加群
二群（2000/2000），满人咯
如果还没加群的，可以加一群
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