getopt模块
这个模块的风格是将参数写到一个列表里面
这是它的语法
getopt.getopt(args, shortopts, longopts = [])
短选项模式
简单理解就是短模式就是有一个横杠的
我们看一个例子
import getopt
args = "-a -b -cfoo -d bar a1 a2".split()
我们将args打印出来可以发现，我们把它做成个以空格为分隔的list
接着写入
optlist,args = getopt.getopt(args,'abc:d:')
optlist
采用getopt()函数，将list做成list套tuple形式，对应着一个参数对应一个值
并且，a，b，c，d各对应唯一值（可以对应空值），所以optlist,args = getopt.getopt(args,'abc:d:')语句中后面的args自动分配a1，a2作为参数
args
长选项模式
简单理解，长模式就是有两个横杠的
import getopt
s = "--condition=foo --testing --output-file abc.def -a foo -x a1 a2"
args = s.split()
一样的，做成以空格分隔的list
接着写入
optlist,args = getopt.getopt(args,'xa:',['condition=','output-file=','testing'])
optlist
其中optlist,args = getopt.getopt(args,'xa:',['condition=','output-file=','testing'])中xa:管的是短模式，中括号里面管的是长模式
然后剩下的a1，a2分配为参数
args
例子
import sys
import getopt
def usage():
print("Usage: text.py -h help -p port -u URL")
def main():
try:
opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], 'hp:u', ['help', 'port=', 'url='])
except getopt.GetoptError as err: ##错误排障
print(str(err))
usage()
sys.exit(0)
for o, a in opts: 循环遍历参数
if o in ('-h', '--help'):
usage()
sys.exit(0)
elif o in ('-p', '--port'):
print("PORT")
elif o in ('-u', '--url'):
print("URL")
if __name__ == "__main__":
main()
argparse
个人感觉这个好用些，直接传参定义即可
import argparse
import os.path
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('-fa',action='store_true', dest='fasta',default=False, help='Check out the sequance')
parser.add_argument('-nt',action='store_true', dest='ntCounts',default=False, help='Calculate Nucleotide count')
parser.add_argument('-gc',action='store_true', dest='gcContent',default=False, help='Calculate gc content ')
parser.add_argument('-r', action='store_true', dest='rnaSeq', default=False, help='Calculate Transcription sequence')
parser.add_argument('-i',dest='filename',type=argparse.FileType('r'),help='Input file') #读取文件
args = parser.parse_args()
#参数传递
args.filename //args+你的参数名
#涉及到多参数调用，打印对应结果，则添加if/if not即可，这样就可以打印你选择的参数结果，而不是全部都打印
if args.ntCounts and not args.gcContent and not args.rnaSeq and not args.fasta:
print('Nucleotide count(A,C,G,T): ',ntCounts)
if not args.ntCounts and args.gcContent and not args.rnaSeq and not args.fasta:
print('gc content: ',gcContent)
if not args.ntCounts and not args.gcContent and args.rnaSeq and not args.fasta:
print('Transcription sequence: ',rnaSeq)
#若需要加print条目，则写在if里面(if/and not)
if not args.ntCounts and not args.gcContent and not args.rnaSeq and args.fasta:
print('Sequence: ', fasta)
选择参数加if那些即可，这样我只选一个参数，那么就只执行这个参数的内容
否则会报错
或者
parser = argparse.ArgumentParser(description="To caculate the phastcons value.")
parser.add_argument("-a", "--a", required=True, type=str,help="the alignome directory")
parser.add_argument("-b", "--b", required=True, type=str,help="the tree directory")
parser.add_argument("-c", "--c", required=True, type=str,help="the goal numbers")
parser.add_argument("-d", "--d", required=True, type=str,help="the output directory.")
Args = parser.parse_args()
其中type定义传参数据类型
参考：https://www.jianshu.com/p/6f7078058023
http://docs.python.org/2.7/library/getopt.html#module-getopt
http://docs.python.org/2.7/library/argparse.html#module-argparse
http://www.cnblogs.com/lovemo1314/archive/2012/10/16/2725589.html
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