snpEff的使用是在Linux系统中Java运行环境下。
一、下载snpEff
方法一：
直接在家目录下载使用命令
wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
解压命令：
unzip snpEff_latest_core.zip
二、查看snpEff是否存在需要的数据库
1、snpEff_latest_core.zip解压后会产生一个名为snpEff的文件夹（或者叫目录），在该目录下输入以下命令，便可查看snpEff中的数据库：
java -jar snpEff.jar databases > snpEff.databases.list.txt
grep -i Zea_mays snpEff.databases.list.txt
2、如果数据库存在，则会显出来，同时显示的还有数据库下载的网址。
3、没有的话，准备建立本地数据库。
三、建立数据存储目录
1、在snpEff建立data目录
cd snpEff
mkdir data
2、在data目录下建立genomes和Zea_mays.AGPv2（数据库名）目录
mkdir genomes
mkdir Zea_mays.AGPv2
四、配置自己的基因组和注释文件
准备三个数据（以本人数据为例，参考基因组为玉米B73的v2版本）
基因组序列信息（fasta文件）：Zea_mays.AGPv2.17.dna.toplevel.fa，简写为Zea_mays.AGPv2.fa，放入genomes目录下；
序列注释文件（gtf或gff3）：Zea_mays.AGPv2.17.gtf ，简写为genes.gtf,放入Zea_mays.AGPv2目录下;
GWAS群体的基因型信息（vcf文件）：221.recode.vcf 放入data目录下。
此处很重要！！！
五、更改配置文件snpEff.config
编译后，点击“ESC”退出编辑模式，输入“：wq”保存并退出。
2、数据库建立
在snpEff目录下输入命令:java -jar snpEff.jar build -gtf22 -v Zea_mays.AGPv2
如果是gtf3文件，命令为：java -jar snpEff.jar build -gff3 -v Zea_mays.AGPv2
如果成功那么在Zea_mays.AGPv2目录下会有一个".bin"文件产生。
六、对vcf格式文件进行注释
1、在data目录下命令如下：
java -Xmx16g -jar ../snpEff/snpEff.jar eff -v Zea_mays.AGPv2 -c ../snpEff/snpEff.config -i vcf 221.recode.vcf > 221.snp.vcf
2、命令代码解析：(参考出处> http://blog.sina.com.cn/s/blog_ab3eddb50102vzm6.html）
-Xmx16g: 指定内存16G
-jar: 指找到snpEff.jar的路径
eff -v: 指明物种名
-c: 指找到snpEff.config的路径
-i vcf: 指明文件格式及其文件
> 221.snp.vcf : 输出文件的名字及文件格式
3、成功后，在data目录下会产生两个文件：
snpEff_summary.html
221.snp.vcf
snpEff_summary.html在网页中查看
221.snp.vcf中Notepad++中查看
七、几点感悟
1、先说明非常重要一点：建立本地数据库太麻烦了，以上几个步骤，成功走下来不是一两天就可以的，各种BUG！
2、非常感谢小谢师兄的无私帮助和耐心指导，不然对于我这样的生信小白早就卡死在入门的门槛上。
3、感谢那些愿意写下总结并发送上网的人儿，根据他们的文章我一遍遍的修改错误，这也是我写此篇总结的初衷，希望也可以给别人带去微小的帮助。
4、感谢自己的不放弃，冒着“猝死”的生命危险，凌晨三点钟仍在一遍一遍的修改代码，思考问题出在哪里。
奋斗吧，骚年们！
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