做lncRNA测序芯片筛选到很多差异表达的lncRNA。我们在挑选lncRNA的时候可以从保守性的角度来考虑,多物种保守性强的lncRNA可能发挥重要的功能。
今天我们讲一篇从这个角度挑选lncRNA的文献。
首先我们来看看作者是怎么样发现重要lncRNA的。有一类lncRNA的保守性很高,就像编码基因那么高。作者找了一个保守lncRNA的芯片,通过芯片杂交,看看保守的lncRNA有哪些发生差异表达。
小鼠模型使用饥饿处理48小时,诱导的粘膜萎缩模型。对照小鼠就是正常喂养的小鼠。取两组小鼠肠粘膜,做表达谱筛选发现21个保守的lncRNA差异表达,18个下调,3个上调。
作者选取uc173进行后续研究,为什么选他呢? 因为,第一,uc173差异非常显著;第二:lncRNA结合miRNA预测分析发现 uc173 可以与miRNA195等几种重要的miRNA结合;第三:发现在人,大鼠,小鼠等肠粘膜中uc173的表达丰度是最高的。lncRNA表达丰度一般不是很高。作者发现uc173表达丰度很高,暗示可能有重要功能。
从这几点,我们可以看出。作者也是多方面的考虑筛选lncRNA, 从表达丰度,结合miRNA,差异程度,保守性等各方面考虑。
视频教程:
保守的lncRNA通过降解miRNA发挥调控作用
附:bilibili超清视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1tV411o7mp
网友评论