如何学习一个软件的用法

• 首先使用conda下载blat: image.png
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• blat的基本了解：全称 The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。Blat是一种像BLAST一样的对齐工具，但结构不同。在DNA上，Blat的工作原理是将整个基因组的索引保存在记忆中。因此，BLAT的目标数据库不是一组GenBank序列，而是源自整个基因组装配的索引。
  百度百科：https://baike.baidu.com/item/blat/2088564

blat工具使用教程：https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7460300.html

BIAT网页使用
进入Blat - UCSC Genome Browser，点击tools，再点击blat，进入该页面，复制粘贴已有的序列。

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点击submit，得出结果

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• 先找到gatk的下载地址，然后用wget下载gatk：

  
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  解压： image.png
  进入解压的文件夹内，并执行以下命令：

conda env create -n gatk -f gatkcondaenv.yml

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source activate gatk

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.fa文件：文件具有.fa扩展使用FASTA格式，这是用于多种序列在一个文件中存储的文件中的类型。这些.fa文件包含有关的DNA序列和其他相关部件的科学信息的信息文件。

• grep -v : 反向选择，亦即显示出没有 '搜寻字符串' 内容的那一行
  grep命令参考文章：https://www.cnblogs.com/ggjucheng/archive/2013/01/13/2856896.html

• 重复序列为小写，二代测序对重复性太多的序列没有作用。

• samtools的用法：https://www.jianshu.com/p/15f3499a6469
  samtools view .bam文件（二进制文件）| less -SN
  less显示文本 -S :文件单行过长时超出部分不显示 -s:文件中出现连续空行时只显示一行，其余不显示 -N: 显示文件页时同时显示每行行号。
  Sam与bam文件：一个序列比对到参考基因组的哪个位置的文件。
  https://www.jianshu.com/p/9c99e09630da

• 头文件：头文件或包含文件是一个文件，通常是源代码的形式，由编译器在处理另一个源文件的时候自动包含进来。一般来说，程序员通过编译器指令将头文件包含进其他源文件的开始（或头部）。

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