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课前准备---空间转录组数据分析之细胞niche

课前准备---空间转录组数据分析之细胞niche

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2024-07-15 09:06 被阅读0次

作者，Evil Genius

课上提到了，分析一种细胞类型的空间分布叫空间细胞网络，分析两种细胞类型的空间关系叫共定位分析，分析多种细胞类型的空间关系叫niche分析。

我们首先要做的，是对空间进行对样本聚类分析，即第7课的内容。

其次要做cell2location的解卷积分析，是第8节课的内容。

接下来的细胞niche分析，即第七课、第八课的联合分析，其主要的生物学意义，主要就是研究多种细胞类型在不同生物学条件下的变化。

这种变化结合了图像区域的分布变化、以及区域细胞成分含量的变化。

我们需要实现的目标，1、空间细胞聚类（一般是多样本）；2、细胞niche（下图为示例）


完整脚本如下（R版本）

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