《大清风云》一开始，多尔衮在参加黑山战役，对手是范浩民，清军只求速战，明军却一直按兵不动，再僵持下去对了清军的士气和粮草都是很大的消耗，形势将不利于明军。可惜崇祯因为国内内乱，又害怕范浩民拥军自重，所以要求范浩民迅速出击。战争很辛苦，庄妃刚好在诞育福临，过程和这场战役一样比较辛苦，好在结局都是圆满的。
多尔衮俘获了范浩民，皇太极不断派人游说他，想要他归顺大清，可他宁可求死，也不降。最后多尔衮献策让庄妃一试。她凭借女子的智慧和高于他的政治眼光折服了他。但是他作为明臣不能背主，最后推荐了他的弟弟范浩正，然后自杀成仁。从此范浩正成为清朝一个举足轻重的汉臣。
皇太极病危，临终之际他想试探下儿子豪格和多尔衮的反应。豪格急于上位，多尔衮也有称帝的野心。他只留下立皇子的遗命就死了。临行前他试探让庄妃殉葬，最终因为多尔衮的反对而放弃，改由皇后和宸妃殉葬。
多尔衮和豪格争夺帝位互不相让。多尔衮的优势更大一些。但是如果他上位，八旗必然会产生分裂和争斗。在这个关口，庄妃巧妙活动，让范浩正提出了她想要福临登基的计策。她找到索尼寻回殉葬的遗诏并销毁，消除了多尔衮的隐患。并且由李亲王提名福临，最终双方接受了这个折中的方案。六岁的福临作为小皇帝登基。多尔衮为摄政王。
多尔衮利用自己的聪明才智和谋略，打下了紫禁城。这个时候他的兄长和弟弟以及手下的一些将领都想拥立他为帝。可是这样的话，他就要杀回关内，杀了福临母子，他经过权衡，始终舍不下自己最爱的人，也不忍心辜负他们的感情。最终选择做周公。将福临母子迎入紫禁城。
多尔衮开始了他的摄政王生涯。他对小皇帝的感情很复杂，一方面有怜爱之心，一方面又不希望他长大亲政和自己争夺权利。孝庄让小皇帝用疏忽学业，贪图玩乐来麻痹多尔衮，一方面自己暗中教授小皇帝文化知识和为君之道。
小皇帝从小生活在多尔衮的阴影里面，他自从六岁时目睹多尔衮和母亲在一起，就对多尔衮产生了憎恨，加上平时多尔衮总是对他动辄呵斥，所以他很讨厌多尔衮，随着年龄的增长，他越发想要尽快亲政和多尔衮产生了不可消弭的矛盾冲突。
皇帝重新启用被多尔衮打压险些成为权利相争牺牲品的范浩正，企图压制多铎。多尔衮终于忍无可忍，决定听取兄弟的建议。但是孝庄一番操作，决定用下嫁来轻易矛盾，又让他放下了称帝的决心。可是他的两个兄弟却私自行动准备在小皇帝行猎时猎杀他。不想差一点成功，孝庄有预感让鳌拜去护驾，两兄弟刺杀未遂，逃往永平镇，多尔衮的军事基地。
本来多尔衮打算检阅完两黄旗就把手上兵权交给皇帝，自己安心做个摄政王。形势逼迫多尔衮不得不反。而且范浩正救援需要时间，多尔衮占有绝对优势，夺取紫禁城易如反掌。但是孝庄却以身饲虎。她摆驾城门口，用自杀来威胁多尔衮不许出兵。又一再想办法拖延战机。直到范浩正全部批军马到来，双方形成对垒，实力不分相差无几。
孝庄再次施展她的智慧，想要兵不血刃化解这个最大的危机。她深知战则两败俱伤，损伤大清的根本。最后让皇帝下旨赐婚，又带领群臣和皇帝一起去找多尔衮议和。多尔衮将庄妃和范浩正还有一个亲王带到秘史，他用死来测验大玉儿对他的情感，并且不惜以自杀来测试她对自己的真心。结果他赌赢了。她还是那个爱他的大玉儿。他心满意足，放下了兵权，放下了权利，让小皇帝亲政。
顺治从小视多尔衮为自己的威胁，恨不得除之而后快。没想到他的胸襟那么广阔，主动出让了权利。彻底放下一切来成全他。当他心甘情愿的叫他父亲的时候。多尔衮多年的心结终于打开了。他最后用坠马自杀来成全了这场权利的交割。他期望的婚礼最终还没举行，他就已经离开了。这个爱了二十多年的女人最终成为他的遗憾。孝庄太后用她的智慧一次次化解了权利的斗争。她和顺治一起为大清国初期的稳定和繁荣做出了贡献。
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