用GCTA计算PCA特别郁闷，总是到最后一步报错：不能处理多个grm文件，还好plink计算没出问题。
cd ../../Users/apple/Documents/work
./vcftools --vcf combine.filter.vcf --plink --out test 生成两个后缀文件test.ped、test.map
./plink --noweb --file test --make-bed --out test 3个后缀文件test.bed、test.bim 、test.fam
./plink --bfile test --pca 5 --out pca__map 前五个主成分
然后就生成了特征值和特征向量。
有的时候会报错：Could not open temporary file.
搜了一些资料，找到了解决办法./plink --noweb --tfile test --make-bed --out test
用GCTA计算PCA特别郁闷，总是到最后一步报错：不能处理多个grm文件，还好plink计算没出问题。 cd .....
1.LD过滤 2.用plink 进行pca分析 参考群体遗传中基于SNP的PCA分析[https://www.ji...
参考书Bioinformatics with R Cookbook 安装R包 生成snp数据 计算 画图 输出结果...
本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群...
一、SNP分析内容（包括但不局限）：①call SNP的软件——freebayes；②计算全部SNP数量；③平均多...
背景知识 随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它...
1.PCA 加载R包 计算PCA ggplot2绘图 整理数据 1.去掉行名 解释度 比如PC1解释度为8.224...
Proportion of Variance 计算方法：PoV <- pca$sdev2/sum(pca$sdev...
PCA：无监督的分类器 PCA的原理： 1. 拿二维数据举例，先画出一条直线，将点映射到直线上 2. 计算SS，...
一、 查看某一个snp的基因型频率 如果要计算全部snp频率则去掉“--snp rs10402893”命令就好 二...
本文标题：snp数据计算PCA
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/nmqmoctx.html
网友评论