bam文件解读

二代测序：

1：该read是成对的paired reads中的一个
2：paired reads中每个都正确比对到参考序列上
4：该read没比对到参考序列上
8：与该read成对的matepair read没有比对到参考序列上
16：该read其反向互补序列能够比对到参考序列
32：与该read成对的matepair read其反向互补序列能够比对到参考序列
64：在paired reads中，该read是与参考序列比对的第一条
128：在paired reads中，该read是与参考序列比对的第二条
256：该read是次优的比对结果
512：该read没有通过质量控制
1024：由于PCR或测序错误产生的重复reads
2048：补充匹配的read

只有一条reads没有比对上：73, 133, 89, 121, 165, 181, 101, 117, 153, 185, 69, 137
两条reads都没有比对上：77、141
比对上了，方向也对，并且在插入片段大小范围内：99, 147, 83, 163
比对上了，也在插入片段大小范围内， 但是方向不对：67, 131, 115, 179
唯一配对，就是插入片段大小范围不对：81, 161, 97, 145, 65, 129, 113, 177

samtools view 32.bam | awk -F "\t" '{if ( ($1!~/^@/) && (($2==69) || ($2==133) || ($2==165) || ($2==181) || ($2==101) || ($2==117)) ) {print ">"$1"\n"$10}}' > te.fa

三代结果：

比对上的用16