更新是一种习惯
NCBI
官网:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/
# cog
https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/
# kog
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/KOG/
# go:官网:http://geneontology.org/
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz
# nt
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz
# nr
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz
# tax
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
# vector
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/UniVec/
uniprot
# 官网:
https://www.uniprot.org/
# 数据
https://ftp.expasy.org/databases/uniprot/current_release/uniref/
kegg
# kofamscan
ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/ko_list.gz
ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/profiles.tar.gz
# pathway maps
https://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08901.keg
vfdb: 毒力因子
# 官网
http://www.mgc.ac.cn/VFs/download.htm
# 数据
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setB_pro.fas.gz
phi: 病原体宿主互作
# 官网
http://www.phi-base.org/
# 数据
http://www.phi-base.org/downloadLink.htm
tcdb: 膜转运蛋白
# 官网
http://www.tcdb.org/
# 数据
http://www.tcdb.org/download.php
swiss prot: 注释蛋白
# 官网
https://www.ebi.ac.uk/uniprot/
# 数据
https://www.uniprot.org/downloads
pfam: 蛋白家族注释
# 官网
http://pfam.xfam.org/
# 数据
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.full.gz
card:抗生素耐受基因
# 官网:
https://card.mcmaster.ca/
# 数据:
https://card.mcmaster.ca/download/0/broadstreet-v3.1.2.tar.bz2
NCBI virus
# 官网
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/
# 数据
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/viral/
NCBI refseq: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/
网友评论