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作者: 胡童远 | 来源:发表于2021-04-28 10:30 被阅读0次

    更新是一种习惯

    NCBI
    官网:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/

    # cog
    https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/
    # kog
    ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/KOG/
    # go:官网:http://geneontology.org/
    ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz
    # nt
    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz
    # nr
    ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz
    # tax
    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
    # vector
    https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/UniVec/
    

    uniprot

    # 官网:
    https://www.uniprot.org/
    # 数据
    https://ftp.expasy.org/databases/uniprot/current_release/uniref/
    

    kegg

    # kofamscan
    ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/ko_list.gz 
    ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/profiles.tar.gz 
    # pathway maps
    https://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08901.keg
    

    vfdb: 毒力因子

    # 官网
    http://www.mgc.ac.cn/VFs/download.htm
    # 数据
    http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setB_pro.fas.gz
    

    phi: 病原体宿主互作

    # 官网
    http://www.phi-base.org/
    # 数据
    http://www.phi-base.org/downloadLink.htm
    

    tcdb: 膜转运蛋白

    # 官网
    http://www.tcdb.org/
    # 数据
    http://www.tcdb.org/download.php
    

    swiss prot: 注释蛋白

    # 官网
    https://www.ebi.ac.uk/uniprot/
    # 数据
    https://www.uniprot.org/downloads
    

    pfam: 蛋白家族注释

    # 官网
    http://pfam.xfam.org/
    # 数据
    ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.full.gz
    

    card:抗生素耐受基因

    # 官网:
    https://card.mcmaster.ca/
    # 数据:
    https://card.mcmaster.ca/download/0/broadstreet-v3.1.2.tar.bz2
    

    NCBI virus

    # 官网
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/
    # 数据
    https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/viral/
    

    NCBI refseq: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/

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