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己糖激酶预测分析

己糖激酶预测分析

作者: 寂静之巅 | 来源:发表于2019-08-09 18:34 被阅读0次

    开放阅读框预测

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

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    • 复制氨基酸序列
    >lcl|ORF1
    MNFFLFFYTSLVTMSSLYDVPGYTKDTLYNVYYEYQLHLTENINNMIICD
    DIKQTLVEDIPLNVDIKKCEFNIAILDVGGSFFKIAVINIKVVDGKLKTE
    TTSVKNFEYPIESKNEQIFWYDWVSDKFVEYMLNNDIKTDLSSLIFSYPI
    KYKGGKSMPMALAKHWCFEFEETLKSDLKETLNHAIKNKLFDNLTSLDST
    VDSTGLLVNCVLNDSVATFLSSKVILDDIAIGIILGTGTNGSFIIKCEDK
    EYVYNAEWGSFVPKSLALTDEETDFINSLQKKYNLMDILIGNGYKCGLIN
    QIIKTRSLNLIEIEGDCVKHILQKDDDDEHKIILQKLIYRSRQLMSMLVC
    GSINVIKANKICILLNGSGYSDDCERQALLKMIQNYAKEICDLDVEIKIH
    YEEGLTFIGAAYYSLVKFLNENVKPKKTMN
    

    用这个网站做特征分析https://www.expasy.org/resources
    这些序列采用在线网站 (http://doua.prabi.fr/software/cap3)上进行序列拼接,得到拼接序列在进行blast同源检索,得到的EST序列再次拼接,重复上面过程,最终得到完整的cDNA.用该序列进行开放阅读框预测,得到氨基酸序列。并且采用在线网站http://www.expasy.org/resources/和在线网站http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun/ 中的Protparam、CDD、HMMTOP、SignalP 4.1 Server、ProtScale、SOPMA、CPHmodels、SweetMollyGrace、Protfun、NetPhos 3.1 Server等生物信息软件对蛋白质的理化性质、保守结构域、跨膜结构域、信号肽、极性、二级结构、三级结构、功能、磷酸位点等预测和分析。

    • 极性

    • 分子质量

    • 等电点

    • 信号肽


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    • 跨膜结构域


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    • 磷酸化位点

    • 糖基化位点

    • 二级结构

    • 三级结构

    • 进化树
      家蚕微孢子虫、蝗虫微孢子虫、蜜蜂微孢子虫、东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫......

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