人类世界终于迎来一段平静的时光，只是，暗地里人类开始研究怪兽是如何直接吸收核能的，于是，人类利用怪兽细胞，培养出新的怪兽，只是，没有苏醒。
研究的过程中，一个失误，核能泄露，霸王龙再次被这股能量吸引，于是只身前来，摧毁了人类的研究基地，然后扬长而去。商业资本家说这是事故，是霸王龙主动发起进攻。
只是那些清醒的人知道，霸王龙真不是因为这个，一定是有什么吸引它或者对它有威胁的东西才会让它愤怒，让它具有攻击性。于是，一少部分人开始调查，开始揭开这个谜底。
人类想利用自己培养出来的怪兽，打倒霸王龙，但是始终无法成功，直到人类终于找到能直接吸收核能力量的方法，于是人类制造出了机械霸王龙。
人类再次称霸地球的野心暴露了，这也让霸王龙再次受到了威胁。只是，这次，霸王龙的肉身被机械霸王龙完全克制，重要的是，机械霸王龙，只要有能量，就不会累。
就这样，霸王龙最终不敌，再次被打倒在地。然而，机械霸王龙没想到的是，世界各地的怪兽们全部来了，他们感受到霸王龙的气息变弱，他们收到了霸王龙的求救信号。
最终，在众多怪兽的帮助下，也有那些知道霸王龙发起攻击的原因的少数人类，机械霸王龙被打败，被所有怪兽撕成了碎片，而这个国家的阴谋也被全人类发现。
最终，人类终于在霸王龙的海底家园发现了真相。在海底有一条通道，可以直达地心，地心内有一片空间是霸王龙的家园，也是怪兽们的发源地。
曾经地球刚形成的时候，能量很紊乱，只有地心最稳定，于是怪兽们在此生活。在整个地球稳定下来后，虽然怪兽们可以自由的在地球上奔跑，直到称霸地球。
只是，地球上的核能也稳定了下来，于是怪兽们失去了能量源，便意义最终陷入沉睡。
人类应该庆幸，有一类怪兽没有苏醒，剧毒怪兽，这些怪兽全身都是病毒的载体，生前只要有他们经过过得地方，都会被剧毒感染，百年内寸草不生。
和剧毒怪兽遇到的怪兽，几乎全部被毒死，那些有幸活下来的，要么是跑得快的，要么是天上飞的。只是这类怪兽最终都在南北极的极寒地带沉睡，而人类在南北极的活动很少，所以，人类没有唤醒。
至于未来，它们会不会苏醒，还是一个未知数。
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