一、核苷酸序列相关数据库

1.综合性数据库
目前国际上有3个主要的核苷酸序列公共数据库：ENA,Genbank,DDBJ。
ENA（European Nucleotide Archive，ENA）是由位于英国剑桥的欧洲分子生物学实验室（EMBL）维护的欧洲核苷酸档案库。
Genbank是由位于美国国家卫生研究院（NIH）的美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）维护的。
DDBJ（DNA Databank of Japan，DDBJ）是日本维护的核酸数据库。
上述3个数据库形成了合作联盟，所以3个数据库所拥有的序列信息是完全一样的。
今年来由中国科学院北京基因组研究所/国家生物信息中心（China National Center for Bioinformation，CNCB）维护的核苷酸序列数据库GSA(Genome Sequence Archive)日渐称为国际上第四个核酸序列公共数据库。

由于目前测序数据增长的速度过快，为了能够更加方便对数据进行管理，ENA在release135时已经放弃一般的测序数据，转而储存组装和注释过的数据。并且以物种情况和数据种类作为分类。

2.基因组数据库
除了上面的核酸数据库外，还有一些模式生物基因组的数据库值得关注。例如Ensembl Genomics，NCBI Genome，Phytozome（植物基因组数据库）和TAIR（拟南芥基因组资源数据库）。

3.核苷酸二级数据库
核苷酸的二级数据库很多，包括非编码RNA数据库和NCBI的RedSeq，Gene等数据库。
（1）非编码RNA数据库
非编码RNA（noncoding RNA）包括了rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA和microRNA，它们都能转录但是不能翻译形成蛋白质。snRNA（small nuclear RNA），也称为小核RNA，与蛋白质形成小核核糖核蛋白，发作RNA剪切体的左右。snoRNA最初在核仁被发现，用于修饰rRNA，比如对其碱基进行甲基化或者甲尿嘧啶化修饰。microRNA 是一类21-23 nt 的小RNA，主要起到和mRNA互补，诱导RNA沉默或者降解。另外最近也发现了一些环状的RNA（circularRNA），大多起到基因调节的作用，但是有些也被发现能够编码蛋白。
ncRNA在长度上可以分为两类，非编码小RNA（small noncoding RNA，sncRNA,<200nt）和长链非编码RNA（long noncoding RNA，>200nt）。目前比较综合的ncRNA的数据库是欧洲EBI维护的RNAcentral，整合了多种其他数据库的数据。

二、蛋白质相关数据库

1.蛋白质序列数据库
国际上两个主要的蛋白质序列数据库是Swiss-Prot，PIR。
Swiss-Prot是从EMBI翻译而来的蛋白质序列，都是经过人工检验和注释的。TrEMBL包括了EMBL中所有的蛋白质序列，这势必导致注释质量的下降。Swiss-Prot和TrEMBL合并为UniprotKB（Universal Protein Knowledgebase）数据库。
PIR数据库是由美国的NBRF最早成立的，现已建立了iProClass综合的蛋白质数据库，几乎整合了所有类型的数据信息。

2.蛋白质结构数据库
（1）蛋白质结构分类可以根据不同的结构层次：折叠类型，拓扑结构，家族，结构域等等。最主要的是两大数据库是SCOP和CATH。
SCOP主要依赖人工注释，将蛋白质结构分成4个层次：结构类型class，折叠模式fold，超家族superfamily，家族family。结构类型可以分为6种，全α蛋白；全β蛋白；α/β蛋白；α+β蛋白；多结构域蛋白；其他。
CATH主要是根据程序自动化计算得到的。也分为4各层次：类型class，构架architecture，拓扑结构topology，同源性homology。CATH也来源于上述四个单词的首字母。类型class主要包括了α主类；β主类；α-β类和低二级结构类。构架主要是按照超二级结构来划分。
（2）蛋白质的实验测定结构数据库主要是PDB，最早由美国的国家实验室建立，后于PDBe（Europe）和PDBj（Japan）实现数据共享。