学习小组Day6笔记-陶*

今天就是第6天了，至少有点感觉了，加油吧！

1.设置下载镜像源file edit (~/.Rprofile)--options(repos=c(CRAN="网址，一般是清华镜像源"))--options(BioC_mirror="网址，一般是华中科技大镜像源")--保存后使用代码options$repos和options$BioC_mirror检验是否设置成功。
2.下载包--如果下载的包来自CRAN，则install.packages("包"),如果来自BioC_mirror,则使用BiocManager::install(“包”)。
3.加载包require(包)或library(包)。
4.dplyr五个基础函数

• 新增列 mutate(new,S1*S2) 新增一列，新列名为new,新建这列各数据是将向量S1和S2乘积作为元素。
• select函数筛选列

  按列筛选 select(test,1)是指列出变量test中第1列的数据；
  select(test,c(1,5))是指列出变量test中第1列和第5列的数据；
  select(test,tang)或者select(test,tang,tao)是指列出变量test中列名为tang或者tang tao的数据；
  此外还可以用one_of函数，简单介绍一下：one_of()是用来声明选择对象的。比如one_of("x","y")就是表明选择x,y变量，那么应用到select函数可以这样用
  TT <- c("Petal.Length", "Petal.Width") select(test, one_of(TT))即先将你要选择的列数赋值为变量TT，应用one_of函数就可；

• filter函数筛选行

filter(bcd, Species == "setosa")注意这里是双等号，是指列出变量bcd中物种种类为setosa的数据；
filter(bcd, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )是指列出bcd变量中列出物种种类为setosa且同时满足Sepal.Length 这个向量> 5 的元素；注意&其实就是和的意思，即同时满足；
filter(bcd, Species %in% c("setosa","versicolor"))这些函数可以套娃再套娃，还记得%in%函数的应用嘛，如A %in% B,即选择从属于B的元素A；

• arrange函数（按某1列或某几列对整个表格进行排序）

arrange(test, Sepal.Length)即将变量test按Sepal.Length这列从小到大排序列出；arrange(test, dsc(Sepal.Length))变量test按Sepal.Length这列从大到小排序列出；

• summarise总结函数

summarise总结函数可以对数据集实现"归纳"、"总结"。summarise函数往往对分组数据使用，对每个分组数据进行归纳，如最大值、最小值、均值、中位数等等 。
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))意即先按将变量test按Species特点分组，然后按分组的不同计算其平均值和方差。

• 其他

1.管道函数 管道函数是一种传递函数，就像一个球从管道口进入可以一路走过管道从管道口出来；
test%>%group_by(Species)%>%summarise(mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))意思是test变量中的数据要分组，分组依据是Species的不同，分好组后的变量还要进行平均值与方差的计算；
2.count函数。COUNT 函数获取区域中或一组数字中的数字字段中条目的个数 count(test,Species)意思根据Species这列计数不同的行数；
3.inner_join(test1, test2, by = "x") test1与test2取交集；
left_join(test1, test2, by = 'x')
full_join( test1, test2, by = 'x')
semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join（？有点绕，不是很懂）
anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join（这个也不是很懂）
bind_rows(test1, test2)注意bind_rows函数要求test1与test2列数相同；
bind_cols(test1, test3)注意bind_cols函数要求test1与test2行数相同。

注：

文中代码引用自生信星球，在此感谢