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seqtk 基因组进行格式化,固定60bp换行。

seqtk 基因组进行格式化,固定60bp换行。

作者: 余绕 | 来源:发表于2024-07-02 19:11 被阅读0次
    seqtk 是一个快速和轻量级的工具,用于处理序列数据。要将基因组解析处理,使每条染色体变成60bp一行,可以使用 seqtk seq 命令。
    假设你有一个基因组文件 genome.fa,你可以运行以下命令
    seqtk seq -l 60 genome.fa > genome_60bp.fa
    
    seqtk seq 是解析序列数据的命令。
    -l 60 指定每行的长度为60个碱基对。
    genome.fa 是输入的基因组文件。
    > genome_60bp.fa 将输出重定向到新的文件 genome_60bp.fa。

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