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Linux系统安装ossutil并下载数据到本地服务器上

Linux系统安装ossutil并下载数据到本地服务器上

作者: Aji | 来源:发表于2022-07-31 12:17 被阅读0次

    今天处理了个数据,公司把数据传到阿里云上了,之前没有从阿里云上下载过数据,记录下学习的过程,整个过程不难,就是因为粗心,折腾了比较久。

    1. Linux系统安装ossutil

    参考的链接是下载和安装
    根据官方教程指导就可以了

    cd ~/Software/ossbrowser
    # 1. 运行以下命令下载ossutil
    wget https://gosspublic.alicdn.com/ossutil/1.7.13/ossutil64
    # 2. 运行以下命令修改文件执行权限
    chmod 755 ossutil64
    # 3.使用交互式配置生成配置文件
    ./ossutil64 config
    # 使用交互式配置生成配置文件先是会让你选择配置文件目录,可以直接回车,默认配置文件目录就是/home/user/.ossutilconfig,教程里是建议直接按回车使用默认配置文件的路径。
    # 然后会让你选择中文还是英文,之后就是最重要的几个参数配置,主要是endpoint,accessKeyID, accessKeySecret, stsToken.
    # 这边我主要用到的是endpoint,accessKeyID, accessKeySecret
    

    配置文件最主要的参数是有以下几个

    配置文件最主要的几个参数
    Endpoint就是你所在地域的路径, 我这边是华东2(上海)
    可以通过访问域名和数据中心
    accessKeyID和accessKeySecret提供数据的人会给你的。

    自己犯的一个错误就是,看到有内网endpoint和外网endpoint, 然后我理解错了内网和外网概念,刚开始配置的时候endpoint选成了内网的,然后死活进不去,还在群里请教了别人,后来恍然大悟,我个大傻瓜,愚蠢的错误啊。

    访问域名和数据中心

    所以最终配置完的配置文件是这样子的

    vi /home/user/.ossutilconfig
    
    image.png

    2.批量下载数据

    这边参考的链接主要是常用命令
    我主要学习了ls和cp的两个命令

    image.png

    (1) ls命令

    我主要学习的是列出object的命令

    ls命令
    cd ~/Software/ossbrowser
    ./ossutil64 ls oss://10kgenomics/data-630/ --include *.fastq.gz | awk -F ' ' '{print $8}' > ossutil_datapath.txt
    
    #使用了include的命令,就是匹配出fastq.gz结尾的数据,然后使用awk命令,空格符号分隔,第八列的数据
    # 记得删除掉空白行
    
    ossutil_datapath.txt

    (2) cp命令下载数据

    我是批量下载下来的,没有使用文件夹递归下载,我感觉这样子快点

    cd ~/Software/ossbrowser
    datapath=/home/user/projects/11/222/data
    cat ossutil_datapath.txt | while read line; do echo "nohup ./ossutil64 cp ${line} ${datapath} --update &"; done >> datadownload_command_new.sh
    sh datadownload_command_new.sh
    
    datadownload_command_new.sh 内容

    最后,恭喜自己get了新技能啦~~撒花❀❀❀

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