docker常用命令
0 权限修改后使用docker，不用再输sudo
#默认状态下，只有 root 用户可以运行 docker 命令；通过以下命令获取权限
sudo usermod -aG docker $USER
sudo service docker restart
重新登陆
1 docker使用前查看服务器docker安装信息
docker info #查看docker安装信息
docker images #查看本地下载镜像
2 将远程仓库中的镜像复制到本地
docker pull
#获取如下镜像：https://hub.docker.com/r/rocker/r-rmd
#docker hub 公共镜像仓库（repository）
docker pull rocker/r-rmd
3 在指定容器运行命令
docker run [参数] IMAGE [COMMAND] [ARG...]
常用参数：
-v，将宿主机器的目录，挂载到容器环境。只有这样，容器才能读取到数据；
-it，以命令行方式进入到容器中；
--rm，退出容器后，删除容器中的所有文件和状态 —— 建议：在构建镜像、测试环境时不添加该参数，以便保留容器生成镜像；而在实际使用容器进行分析时，可以添加该参数，以删除不必要保留的中间文件；
-d，将运行的命令放到后台执行；
eg:
$ docker run \ # 运行
-v /local_path1/inputBam:/input \ # 将本地目录 /local_path1/inputBam 挂载到容器的 /input/ 目录
-v /local_path2/results:/output \
-v /local_path3/database:/database \
--rm \ # 命令运行结束后删除容器
IMAGE_name:v1 \ # 构建容器所使用的镜像，此处注意要加tag（比如 “:v1”），否则系统自动加上tag “:latest”
/bin/bash -c “source activate /XX/envs/IMAGE_name && python /XX/scripts/init.py -i /input/ -c /XX/config.yaml -o /output/“ # 在容器（IMAGE_name）中运行的命令，路径都是容器的路径
4 容器运行状态
docker ps #列出正在运行的容器；
docker ps -a #列出所有容器；
#生成镜像，在docker ps -a之后出现的第一列是容器的ID，我们使用该ID生成一个mytool的镜像
docker commit IDXXX mytool:v1
5 将工具部署到docker环境，生成镜像；
#首先明白这句话是什么意思：当我有一个功能程序（比如一个python代码），想在docker环境（构建镜像）中使用，需要将python依赖下载到镜像；
往往我们可以先下载一个现成的镜像，在现成的镜像中测试好工具后，‘docker ps -a ’查看运行完的容器，commit该容器为一个新命名的镜像。
6 同时创建（下载）并启动(运行)容器
docker run -i -t centos /bin/bash
"""
参数解释
-i 选项：容器启动后，打开标准输入设备（STDIN），可使用键盘输入
-t 选项：容器启动后，分配一个为终端，将与服务器建立一个会话
centos 参数：需要运行的镜像名称，标准格式为centos:latest, 若为latest版本，则可忽略
/bin/bash 表示容器中bash应用程序
该命令首先从本地获取镜像，本地没有镜像，则从Docker Hub拉取放到本地。
"""
7 删除-导出-导入镜像
docker rmi centos:latest # 删除镜像 ；加-f 强制删除
docker save sw:v1 | gzip > sw-v1.tar.gz # 导出镜像
docker load < sw-v1.tar.gz # 在当前目录中导入镜像
8 查找和下载镜像
#查找镜像
docker search [镜像名称]
#下载镜像
docker pull [镜像名称]
9 设置Docker Hub镜像站点/加速器
- https://hub.docker.com/ ； docker hub 公共镜像仓库（repository）大量现成工具；因为docker默认的仓库在docker.io，我们可以设置为阿里的；参考：https://www.jianshu.com/p/1e5cba42dd31
10 docker使用的一个例子（命令行）
1）先进入一个docker环境
#创建一个新的docker环境
docker run -it -v /local_path/:/input centos /bin/bash
#或者docker images看现在有什么环境，比如有一个pysam的环境，我进入该环境：
docker run -it -v /local_path/:/input miniconda-pysam:v1 /bin/bash
2）在docker环境中安装需要的软件
#安装软件前需要先update，否则找不到软件
apt-get update
apt-get install samtools
3）把程序从宿主机器拷贝到docker环境目录
mkdir tools && cp /input/code.sh /tools/ #/input是宿主路径挂载到容器的路径，/tools/是容器路径
ls -l /tools/
#在docker环境中运行该程序测试，确认命令在容器内可以顺利运行
sh /tools/code.sh /input/
#退出容器
exit
4） 测试在宿主运行docker环境命令
docker run -rm -v /loca_path/data:/input/ mytool:v1 /tools/code.sh /input/xxx # mytool:v1是工具的名称加tag; tools是宿主路径
11 通过 Dockerfile 来进行镜像构建
FROM 指定基础镜像
RUN 执行命令
RUN ["可执行文件", "参数1", "参数2"]
**需要注意每RUN一下，就会新commit一层，部署臃肿，应该写一个RUN 后面加多个命令**
COPY 指令
ADD 指令
来一个使用Dockerfile构建镜像的例子
11.1）确定一个宿主目录,该目录要放Dockerfile 和Dockerfile 里涉及到的shell文件
11.2）写一个Dockerfile 的文本文件
FROM ubuntu:14.04
RUN apt-get update \
&& apt-get install wget \
&& wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh \
&& sh -c '/bin/echo -e "\nyes\n\nyes"|sh Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh' \
&& mkdir -p /workdir
COPY . /workdir
#install conda
CMD conda
11.3) 构建镜像
以下命令要在Dockfile所在的目录运行
docker build -t anaconda3:v1 . #-t 后面是镜像名称：tag 一定要注意后面有一个dot . 代表上下文目录
或者
#从标准输入中读取 Dockerfile 进行构建
docker build - < Dockerfile
12 最后，docker本身的安装如下
sudo apt-get update
# step 1， 检查必要的包
sudo apt-get -y install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common
# step 2: 安装GPG证书
curl -fsSL http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -
# Step 3: 写入软件源信息
sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable"
# Step 4: 更新 apt 数据库，安装 docker
sudo apt-get -y update
sudo apt-get -y install docker-ce
# Step 5：确认 docker 安装是否成功（测试环境版本为，Docker version 18.06.3-ce, build d7080c1）
sudo docker --version
13 基于本地服务器构建私有Docker仓库
#考虑到我们的镜像不想在Docker hub中公开，我们可以使用registry做私有镜像注册中心。搭建Docker Registry:
docker run -d -p 5000:5000 -v ~/docker-registry:/tmp/registry registry
如果要把镜像推送到这个地址（假设在这里是本地地址http://192.168.40.02:5000），需要更改镜像的名称。
docker tag [镜像id] 192.168.40.02:5000/liuyue/java
使用push命令即可将该镜像推送到私有镜像中心
docker push 192.168.40.02:5000/liuyue/java
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